More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2861 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2861  pyrroline-5-carboxylate reductase  100 
 
 
272 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0351901  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2683  pyrroline-5-carboxylate reductase  69.49 
 
 
272 aa  395  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000101037  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1331  pyrroline-5-carboxylate reductase  68.75 
 
 
272 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00987807 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1231  pyrroline-5-carboxylate reductase  69.49 
 
 
272 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000109487  normal  0.438718 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1337  pyrroline-5-carboxylate reductase  68.38 
 
 
272 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00148395  hitchhiker  0.00000622504 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3041  pyrroline-5-carboxylate reductase  68.38 
 
 
272 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000943261  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3184  pyrroline-5-carboxylate reductase  68.38 
 
 
272 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000288321  normal  0.0381756 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3026  pyrroline-5-carboxylate reductase  68.38 
 
 
272 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000130483  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1126  pyrroline-5-carboxylate reductase  71.69 
 
 
272 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000450771  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3354  pyrroline-5-carboxylate reductase  65.07 
 
 
272 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2688  pyrroline-5-carboxylate reductase  65.44 
 
 
272 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.452831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1136  pyrroline-5-carboxylate reductase  65.81 
 
 
272 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0273851  normal  0.368215 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1192  pyrroline-5-carboxylate reductase  63.97 
 
 
272 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000775485  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1263  pyrroline-5-carboxylate reductase  64.34 
 
 
272 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00228679  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1193  pyrroline-5-carboxylate reductase  63.6 
 
 
272 aa  362  2e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0154607  normal  0.507121 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2478  pyrroline-5-carboxylate reductase  62.13 
 
 
271 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0810404  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002455  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.21 
 
 
272 aa  293  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03579  pyrroline-5-carboxylate reductase  51.84 
 
 
272 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0542  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.21 
 
 
272 aa  287  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0647728  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3719  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.38 
 
 
273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0012  pyrroline-5-carboxylate reductase  50 
 
 
272 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03299  pyrroline-5-carboxylate reductase  50.18 
 
 
273 aa  273  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3041  pyrroline-5-carboxylate reductase  49.64 
 
 
274 aa  266  4e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.439498  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3451  pyrroline-5-carboxylate reductase  48.35 
 
 
273 aa  259  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00381464  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3608  pyrroline-5-carboxylate reductase  47.99 
 
 
273 aa  256  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4031  pyrroline-5-carboxylate reductase  47.99 
 
 
273 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00394027 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0139  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.42 
 
 
273 aa  246  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280777 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0831  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.05 
 
 
273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0829  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.05 
 
 
273 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.814705  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0759  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.05 
 
 
273 aa  241  7e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1285  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.01 
 
 
271 aa  239  5e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0774  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.15 
 
 
272 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3664  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.05 
 
 
273 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.078533  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2189  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.6 
 
 
274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.334092  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2215  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.6 
 
 
274 aa  219  3.9999999999999997e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000657284  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0929  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.95 
 
 
273 aa  218  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117445  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1837  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.26 
 
 
285 aa  218  7.999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000989753  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2920  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.6 
 
 
275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.495585  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0546  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.07 
 
 
275 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5047  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.7 
 
 
272 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0476  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.07 
 
 
272 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0340  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.34 
 
 
275 aa  211  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3055  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.82 
 
 
274 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0493  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.97 
 
 
273 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0535  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.35 
 
 
277 aa  209  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05150  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.97 
 
 
273 aa  208  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59347  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5320  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.96 
 
 
272 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4151  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.98 
 
 
273 aa  203  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5145  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.11 
 
 
272 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4968  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.75 
 
 
272 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5095  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.75 
 
 
272 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0337  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.36 
 
 
282 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000202087  hitchhiker  0.00000000614659 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1535  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.73 
 
 
274 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0946  pyrroline-5-carboxylate reductase  40 
 
 
276 aa  194  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0370  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.11 
 
 
272 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01991  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.53 
 
 
286 aa  192  6e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0761  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.6 
 
 
292 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03070  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.48 
 
 
272 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0995956  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3642  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.44 
 
 
285 aa  186  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0177  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.06 
 
 
277 aa  185  7e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0311023  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07387  Pyrroline-5-carboxylate reductase (EC 1.5.1.2) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96WX7]  36.88 
 
 
283 aa  183  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0601  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.78 
 
 
280 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3002  Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase  34.56 
 
 
278 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3016  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.4 
 
 
264 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2260  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.3 
 
 
293 aa  179  5.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.423593  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2167  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.94 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1839  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.57 
 
 
282 aa  177  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2109  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.59 
 
 
269 aa  176  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.663148  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0165  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.57 
 
 
277 aa  175  7e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000543414  hitchhiker  0.0000203969 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0620  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.36 
 
 
270 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0646  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.36 
 
 
270 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2656  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.12 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0469003 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0129  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.87 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000153189  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0716  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.8 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796831  normal  0.766779 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2802  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.31 
 
 
278 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3982  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.19 
 
 
271 aa  171  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2518  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.94 
 
 
271 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.554672  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2417  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.98 
 
 
271 aa  169  3e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.45 
 
 
279 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00667686 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3816  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.23 
 
 
270 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.495016  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2938  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.6 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3885  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.7 
 
 
270 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0846425  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0246  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.36 
 
 
270 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0730  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.36 
 
 
270 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.370104  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1785  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.33 
 
 
289 aa  165  5.9999999999999996e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0698  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.36 
 
 
270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.362648  normal  0.291858 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0390  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.21 
 
 
272 aa  165  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1437  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.2 
 
 
281 aa  165  9e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1287  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.09 
 
 
270 aa  165  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2500  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.86 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000695337  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1997  hypothetical protein  36.98 
 
 
262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3347  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.85 
 
 
270 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3300  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.85 
 
 
270 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.249402  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3334  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.85 
 
 
270 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1755  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.04 
 
 
270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.85 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2410  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.85 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1188  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.85 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2597  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.85 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.483806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1017  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.93 
 
 
279 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.275974  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>