More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1129 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1129  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 467 aa  959    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983019  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1828  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50.22 
 
 		 466 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0770919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50.22 
 
 		 466 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00327402  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1886  ATPase domain-containing protein  50.56 
 
 		 464 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2105  sensor protein YgiY, putative  50.78 
 
 		 476 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2398  histidine kinase  50.11 
 
 		 465 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00201135  normal  0.0208658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1921  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.11 
 
 		 465 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000014063  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.11 
 
 		 465 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00272877  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1928  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.11 
 
 		 465 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0290384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2082  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.33 
 
 		 464 aa  420  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0367152  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2327  histidine kinase  29.72 
 
 		 467 aa  188  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.205174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3512  sensor histidine kinase  31.22 
 
 		 457 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3355  histidine kinase  28.88 
 
 		 455 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1982  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.82 
 
 		 464 aa  180  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1782  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 		 466 aa  179  7e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1893  sensor histidine kinase  30.05 
 
 		 457 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2755  sensor protein qseC  29.68 
 
 		 454 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1373  sensor protein qseC  25.83 
 
 		 478 aa  169  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622972  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1313  sensor protein  25.83 
 
 		 478 aa  168  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000254318  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 		 449 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0643  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.79 
 
 		 413 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02898  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with QseB  27.43 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0674  histidine kinase  27.43 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0671  sensor protein QseC  27.43 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0679985 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02848  hypothetical protein  27.43 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.684564  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3204  sensor protein QseC  27.43 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3460  sensor protein QseC  27.22 
 
 		 449 aa  162  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3491  sensor protein QseC  27.64 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3315  sensor protein QseC  27.22 
 
 		 449 aa  161  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0769555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4335  sensor protein QseC  27 
 
 		 449 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2714  sensor histidine kinase  27.95 
 
 		 454 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 		 454 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18640  sensory histidine protein kinase,two-component  27.94 
 
 		 472 aa  159  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2065  putative periplasmic sensor signal transduction histidine kinase, QseC  28.25 
 
 		 467 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6336  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 		 450 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.337613  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 454 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0285  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 470 aa  156  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.723089  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3018  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 		 454 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 		 450 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2816  sensor histidine kinase  26.55 
 
 		 449 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3989  sensor protein QseC  25.54 
 
 		 452 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0125  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 		 438 aa  152  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0421257 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1254  hypothetical protein  28.35 
 
 		 471 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1253  hypothetical protein  27.82 
 
 		 471 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1184  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 		 480 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 		 467 aa  152  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0137  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.77 
 
 		 438 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3529  sensor protein QseC  27.45 
 
 		 449 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4241  sensor protein QseC  27.31 
 
 		 449 aa  152  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6232  histidine kinase  27.18 
 
 		 459 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3363  sensor protein QseC  27.23 
 
 		 449 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.987162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3428  sensor protein QseC  27.23 
 
 		 449 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3359  sensor protein QseC  27.23 
 
 		 449 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3434  sensor protein QseC  27.23 
 
 		 449 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02325  signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 454 aa  149  8e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.280945  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4140  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.23 
 
 		 438 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2785  sensor histidine kinase  27.99 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 		 452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 		 458 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 		 446 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4531  sensor protein QseC  27.91 
 
 		 449 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0682388  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1941  histidine kinase  25.85 
 
 		 514 aa  144  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4905  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 		 445 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 		 453 aa  143  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0140  sensor histidine kinase  27.65 
 
 		 471 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2623  histidine kinase  26.68 
 
 		 519 aa  141  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3608  sensor protein BasS/PmrB  31.68 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000312076  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3742  sensor protein BasS/PmrB  31.68 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3618  sensor protein BasS/PmrB  31.17 
 
 		 347 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000754738  normal  0.476634 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3430  sensor protein QseC  27.23 
 
 		 448 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2077  signal transduction histidine kinase sensor  25.77 
 
 		 487 aa  137  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.200991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2792  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  25.05 
 
 		 444 aa  137  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2595  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.580815  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1938  sensor histidine kinase  24.5 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3964  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 		 444 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.415671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.77 
 
 		 462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.89546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1338  sensor histidine kinase  24.84 
 
 		 452 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.117372  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.08 
 
 		 439 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3301  histidine kinase  27.15 
 
 		 439 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3012  histidine kinase  26.46 
 
 		 475 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0846  sensor histidine kinase  24.74 
 
 		 438 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0309  sensor histidine kinase  24.74 
 
 		 438 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0135  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0665221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2438  sensor histidine kinase  24.74 
 
 		 438 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0052  sensor histidine kinase  24.74 
 
 		 438 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0604  sensor histidine kinase  24.74 
 
 		 438 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0674  sensor histidine kinase  24.95 
 
 		 438 aa  130  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1010  sensor kinase protein  24.63 
 
 		 438 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0851  sensor histidine kinase  24.63 
 
 		 438 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4830  two-component regulatory system sensory histidine kinase  25.97 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00276208  normal  0.0320947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2189  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 		 454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5325  sensor histidine kinase  25.32 
 
 		 444 aa  128  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769735  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0693  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 		 487 aa  128  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0477  sensor protein BasS/PmrB  30.91 
 
 		 353 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000367453  normal  0.9008 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03385  sensor histidine kinase  26.08 
 
 		 411 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.367883  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0159  histidine kinase  27.86 
 
 		 496 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 		 444 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0430  sensor histidine kinase  27.41 
 
 		 501 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00032493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4358  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.66153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2385  histidine kinase  24.79 
 
 		 442 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247211  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>