87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0389 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3989  LppC family lipoprotein  58.68 
 
 		 634 aa  778    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3880  LppC family lipoprotein  58.21 
 
 		 627 aa  767    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0981735 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0389  LppC family lipoprotein  100 
 
 		 607 aa  1249    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.743997  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3354  putative lipoprotein  51.6 
 
 		 595 aa  660    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0261  LppC family lipoprotein  58.44 
 
 		 628 aa  773    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3684  LppC family lipoprotein  57.89 
 
 		 627 aa  764    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4099  LppC family lipoprotein  58.52 
 
 		 634 aa  775    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0227  LppC family lipoprotein  55.21 
 
 		 634 aa  721    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.238094 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0273  LppC putative lipoprotein  66.94 
 
 		 603 aa  860    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000539466  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3692  LppC family lipoprotein  59.42 
 
 		 616 aa  765    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.348011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0352  LppC family lipoprotein  56.4 
 
 		 634 aa  735    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.184471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4187  LppC family lipoprotein  58.36 
 
 		 634 aa  776    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0252  LppC family lipoprotein  57.37 
 
 		 624 aa  730    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.625916  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4251  LppC family lipoprotein  58.39 
 
 		 626 aa  751    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.945552  hitchhiker  0.0000000616017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0300  putative lipoprotein  58 
 
 		 619 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4069  LppC family lipoprotein  58.83 
 
 		 634 aa  778    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00891  hypothetical protein  30.2 
 
 		 603 aa  295  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004501  LppC putative lipoprotein  31.71 
 
 		 555 aa  295  1e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000349106  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0113  putative lipoprotein  29.24 
 
 		 653 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2654  putative lipoprotein LppC  29.32 
 
 		 603 aa  264  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1177  LppC family lipoprotein  32.16 
 
 		 677 aa  223  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.055728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4419  lipoprotein, putative  28.37 
 
 		 604 aa  210  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0598181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4113  LppC putative lipoprotein  27.85 
 
 		 604 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57480  putative lipoprotein  28.02 
 
 		 604 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4995  putative lipoprotein  28.48 
 
 		 604 aa  200  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.713572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0911  LppC family lipoprotein  28.17 
 
 		 602 aa  198  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3522  LppC superfamily  25.5 
 
 		 680 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.173213  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2923  hypothetical protein  28.45 
 
 		 603 aa  189  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3619  LppC family protein  25.21 
 
 		 680 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3066  hypothetical protein  28.22 
 
 		 603 aa  187  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13140  LppC lipoprotein  27.39 
 
 		 607 aa  186  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3145  ATPase  26.27 
 
 		 661 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0539  LppC family lipoprotein  28.09 
 
 		 657 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1120  hypothetical protein  27.77 
 
 		 689 aa  185  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0475  putative LppC lipoprotein  28.09 
 
 		 689 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0740  LppC precursor  27.16 
 
 		 604 aa  184  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164476  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0757  LppC family lipoprotein  29.73 
 
 		 635 aa  182  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4523  LppC family lipoprotein  28.75 
 
 		 605 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4336  LppC family lipoprotein  27.03 
 
 		 674 aa  182  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.765962  normal  0.192423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0308  LppC family lipoprotein  25.97 
 
 		 672 aa  180  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4432  hypothetical protein  24.95 
 
 		 721 aa  180  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3693  LppC putative lipoprotein  24.6 
 
 		 658 aa  179  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4399  LppC family lipoprotein  28.4 
 
 		 605 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1325  LppC family lipoprotein  28.4 
 
 		 605 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.967741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2463  LppC family lipoprotein  25.45 
 
 		 617 aa  173  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4684  LppC putative lipoprotein  25.26 
 
 		 603 aa  169  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0933  LppC family lipoprotein  28.46 
 
 		 605 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0314  LppC family lipoprotein  32.47 
 
 		 672 aa  167  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.92899  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0356  LppC putative lipoprotein  25.3 
 
 		 629 aa  162  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3453  LppC superfamily  31.52 
 
 		 680 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3451  LppC superfamily  31.52 
 
 		 680 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3559  LppC superfamily  31.52 
 
 		 680 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03355  putative lipoprotein  26.02 
 
 		 666 aa  156  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  24.6 
 
 		 631 aa  156  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3584  LppC family lipoprotein  32.62 
 
 		 704 aa  155  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129912 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  26.24 
 
 		 625 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2204  LppC family lipoprotein  27.56 
 
 		 628 aa  153  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.972417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0551  LppC family lipoprotein  31.4 
 
 		 678 aa  152  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.551185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3339  putative lipoprotein  31.4 
 
 		 678 aa  150  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03014  hypothetical protein  31.4 
 
 		 678 aa  150  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02965  hypothetical protein  31.4 
 
 		 678 aa  150  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0558  LppC family lipoprotein  31.4 
 
 		 678 aa  150  9e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3442  putative lipoprotein  31.5 
 
 		 678 aa  150  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4466  putative lipoprotein  31.5 
 
 		 678 aa  148  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3629  putative lipoprotein  31.5 
 
 		 678 aa  148  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3624  LppC family lipoprotein  32.12 
 
 		 680 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3625  putative lipoprotein  31.19 
 
 		 678 aa  146  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3782  LppC family lipoprotein  30.9 
 
 		 682 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0529967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2394  putative lipoprotein-like protein  23.87 
 
 		 617 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.527391  normal  0.161029 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0260  lipoprotein antigen  27.69 
 
 		 396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1933  putative lipoprotein  27.69 
 
 		 394 aa  142  3e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.814696  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2200  LppC putative lipoprotein  25.95 
 
 		 596 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  25.51 
 
 		 621 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1694  putative lipoprotein-like  27.42 
 
 		 525 aa  114  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.97529  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0590  LppC family lipoprotein  28.85 
 
 		 573 aa  113  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04379  LppC superfamily  26.11 
 
 		 576 aa  99.8  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.418769  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0676  LppC family lipoprotein  24.29 
 
 		 705 aa  93.2  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2282  putative lipoprotein-like protein  22.22 
 
 		 510 aa  90.1  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1675  LppC family lipoprotein  27.97 
 
 		 576 aa  73.9  0.000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1749  hypothetical protein  28.3 
 
 		 576 aa  73.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  22.59 
 
 		 612 aa  70.9  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  22.59 
 
 		 612 aa  70.9  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  26.69 
 
 		 402 aa  55.5  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1484  hypothetical protein  26.69 
 
 		 481 aa  50.8  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.72 
 
 		 394 aa  48.9  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0716  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 824 aa  46.2  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>