84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4523 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4523  LppC family lipoprotein  100 
 
 		 605 aa  1194    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0911  LppC family lipoprotein  73.3 
 
 		 602 aa  840    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13140  LppC lipoprotein  66.72 
 
 		 607 aa  780    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4399  LppC family lipoprotein  97.06 
 
 		 605 aa  1092    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4995  putative lipoprotein  67.16 
 
 		 604 aa  803    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.713572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57480  putative lipoprotein  67.5 
 
 		 604 aa  801    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4684  LppC putative lipoprotein  73.88 
 
 		 603 aa  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4113  LppC putative lipoprotein  72.57 
 
 		 604 aa  830    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0933  LppC family lipoprotein  91.35 
 
 		 605 aa  1025    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4419  lipoprotein, putative  71.88 
 
 		 604 aa  825    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0598181  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1325  LppC family lipoprotein  97.23 
 
 		 605 aa  1093    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.967741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3145  ATPase  35.44 
 
 		 661 aa  345  1e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2200  LppC putative lipoprotein  35.68 
 
 		 596 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2463  LppC family lipoprotein  35.61 
 
 		 617 aa  284  4.0000000000000003e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36704  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0356  LppC putative lipoprotein  36.98 
 
 		 629 aa  281  3e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3066  hypothetical protein  34.77 
 
 		 603 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2923  hypothetical protein  34.57 
 
 		 603 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2204  LppC family lipoprotein  37.79 
 
 		 628 aa  253  7e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.972417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  33.85 
 
 		 631 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0757  LppC family lipoprotein  34.97 
 
 		 635 aa  232  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0260  lipoprotein antigen  37.07 
 
 		 396 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1933  putative lipoprotein  37.07 
 
 		 394 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.814696  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  31.51 
 
 		 625 aa  210  8e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0113  putative lipoprotein  28.26 
 
 		 653 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0314  LppC family lipoprotein  29.4 
 
 		 672 aa  197  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.92899  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00891  hypothetical protein  27.64 
 
 		 603 aa  193  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0389  LppC family lipoprotein  28.55 
 
 		 607 aa  186  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.743997  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0308  LppC family lipoprotein  29.09 
 
 		 672 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0273  LppC putative lipoprotein  28.94 
 
 		 603 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000539466  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004501  LppC putative lipoprotein  29.17 
 
 		 555 aa  186  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000349106  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0539  LppC family lipoprotein  28.61 
 
 		 657 aa  181  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0475  putative LppC lipoprotein  28.59 
 
 		 689 aa  181  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0300  putative lipoprotein  27.46 
 
 		 619 aa  180  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0261  LppC family lipoprotein  27.19 
 
 		 628 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3692  LppC family lipoprotein  27.46 
 
 		 616 aa  178  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.348011  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1120  hypothetical protein  28.79 
 
 		 689 aa  177  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3354  putative lipoprotein  25.87 
 
 		 595 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4099  LppC family lipoprotein  26.51 
 
 		 634 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3684  LppC family lipoprotein  27.06 
 
 		 627 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3989  LppC family lipoprotein  26.54 
 
 		 634 aa  174  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0252  LppC family lipoprotein  27.47 
 
 		 624 aa  174  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.625916  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4187  LppC family lipoprotein  26.39 
 
 		 634 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4069  LppC family lipoprotein  26.36 
 
 		 634 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0227  LppC family lipoprotein  26.66 
 
 		 634 aa  172  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.238094 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3624  LppC family lipoprotein  30.64 
 
 		 680 aa  172  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3880  LppC family lipoprotein  26.99 
 
 		 627 aa  172  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0981735 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4336  LppC family lipoprotein  27.49 
 
 		 674 aa  172  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.765962  normal  0.192423 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2654  putative lipoprotein LppC  25.71 
 
 		 603 aa  170  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3693  LppC putative lipoprotein  27.83 
 
 		 658 aa  170  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2394  putative lipoprotein-like protein  27.89 
 
 		 617 aa  169  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.527391  normal  0.161029 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0740  LppC precursor  25.59 
 
 		 604 aa  166  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164476  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0352  LppC family lipoprotein  26.19 
 
 		 634 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.184471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3782  LppC family lipoprotein  28.37 
 
 		 682 aa  163  8.000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0529967  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4251  LppC family lipoprotein  26.7 
 
 		 626 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.945552  hitchhiker  0.0000000616017 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02965  hypothetical protein  26.06 
 
 		 678 aa  154  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03014  hypothetical protein  26.06 
 
 		 678 aa  154  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3629  putative lipoprotein  26.32 
 
 		 678 aa  153  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  27.68 
 
 		 621 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0676  LppC family lipoprotein  27.29 
 
 		 705 aa  141  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03355  putative lipoprotein  25.37 
 
 		 666 aa  137  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1177  LppC family lipoprotein  23.48 
 
 		 677 aa  134  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.055728 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0590  LppC family lipoprotein  28.44 
 
 		 573 aa  128  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2282  putative lipoprotein-like protein  27.32 
 
 		 510 aa  127  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04379  LppC superfamily  28.66 
 
 		 576 aa  125  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.418769  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3584  LppC family lipoprotein  29.63 
 
 		 704 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129912 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4432  hypothetical protein  28.33 
 
 		 721 aa  117  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3451  LppC superfamily  27.41 
 
 		 680 aa  115  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3559  LppC superfamily  27.41 
 
 		 680 aa  115  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3442  putative lipoprotein  27.38 
 
 		 678 aa  115  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3522  LppC superfamily  27.41 
 
 		 680 aa  115  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.173213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3453  LppC superfamily  27.41 
 
 		 680 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3619  LppC family protein  27.41 
 
 		 680 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0551  LppC family lipoprotein  28.05 
 
 		 678 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.551185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3625  putative lipoprotein  28.83 
 
 		 678 aa  114  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4466  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 678 aa  114  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3339  putative lipoprotein  28.05 
 
 		 678 aa  114  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0558  LppC family lipoprotein  28.05 
 
 		 678 aa  113  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1675  LppC family lipoprotein  27.21 
 
 		 576 aa  100  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  24.5 
 
 		 612 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  24.5 
 
 		 612 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1749  hypothetical protein  27.53 
 
 		 576 aa  95.1  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1694  putative lipoprotein-like  25.65 
 
 		 525 aa  89.4  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.97529  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1484  hypothetical protein  22 
 
 		 481 aa  51.2  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 378 aa  47  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>