More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2129 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2129  cytochrome B561  100 
 
 		 198 aa  401  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000482046  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  70.88 
 
 		 183 aa  275  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  70.33 
 
 		 183 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  70.88 
 
 		 183 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  70.88 
 
 		 183 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  67.58 
 
 		 183 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  67.58 
 
 		 183 aa  259  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  65.93 
 
 		 183 aa  259  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  67.03 
 
 		 183 aa  259  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1216  cytochrome b561  65.17 
 
 		 183 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000559854  normal  0.299312 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3371  cytochrome B561  63.74 
 
 		 183 aa  234  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1316  cytochrome B561  65.73 
 
 		 183 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171547  normal  0.725201 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2876  cytochrome B561  63.74 
 
 		 185 aa  226  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.379711  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  53.8 
 
 		 183 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1120  cytochrome B561  59.34 
 
 		 184 aa  209  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000137011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05925  cytochrome b561  57.8 
 
 		 179 aa  202  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0472  putative cytochrome b561  56.74 
 
 		 181 aa  201  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.73245e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000195  cytochrome b561  57.23 
 
 		 179 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000187144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  48.33 
 
 		 186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1042  cytochrome B561  57.06 
 
 		 175 aa  190  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  52.25 
 
 		 183 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  53.93 
 
 		 183 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  48.63 
 
 		 189 aa  187  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  48.09 
 
 		 189 aa  186  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  52.25 
 
 		 183 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  52.25 
 
 		 183 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  50.56 
 
 		 182 aa  185  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  48.63 
 
 		 190 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  49.47 
 
 		 196 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  47.49 
 
 		 184 aa  184  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  50.85 
 
 		 184 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  45.83 
 
 		 213 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  48.07 
 
 		 188 aa  182  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  48.07 
 
 		 188 aa  182  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  48.07 
 
 		 188 aa  182  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  48.07 
 
 		 188 aa  182  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  48.07 
 
 		 188 aa  182  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  48.07 
 
 		 188 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  48.07 
 
 		 188 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  48.07 
 
 		 188 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  48.6 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  48.6 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  48.6 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03240  cytochrome b561  52.49 
 
 		 184 aa  179  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03827  putative cytochrome b561  56.44 
 
 		 189 aa  178  4.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  49.18 
 
 		 190 aa  177  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  46.96 
 
 		 183 aa  176  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  51.12 
 
 		 183 aa  176  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  46.33 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2031  YceJ  48.09 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1269  hypothetical protein  48.63 
 
 		 190 aa  174  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1254  hypothetical protein  48.63 
 
 		 192 aa  174  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.73358 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  46.2 
 
 		 192 aa  172  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  46.7 
 
 		 189 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0456  cytochrome B561  48.33 
 
 		 182 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5072  cytochrome b561, putative  47.75 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2822  cytochrome B561  47.49 
 
 		 184 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.79842  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1313  cytochrome B561  48.59 
 
 		 184 aa  154  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.169075  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  39.67 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0949  cytochrome b561  46.63 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000303039  normal  0.493253 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  32.26 
 
 		 193 aa  118  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1404  cytochrome B561  41.34 
 
 		 179 aa  117  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.610566  normal  0.317054 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  31.18 
 
 		 193 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  33.72 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  35.14 
 
 		 188 aa  105  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  37.57 
 
 		 188 aa  104  9e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  37.85 
 
 		 176 aa  101  7e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  34.39 
 
 		 188 aa  101  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  38.12 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2570  cytochrome B561  35.14 
 
 		 197 aa  100  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  34.09 
 
 		 177 aa  99.4  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  34.83 
 
 		 189 aa  97.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0686  cytochrome b561  38.1 
 
 		 188 aa  97.4  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  33.52 
 
 		 182 aa  96.7  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  36.72 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  32.96 
 
 		 182 aa  94.7  8e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  35.96 
 
 		 187 aa  94.7  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  31.15 
 
 		 186 aa  94  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  33.14 
 
 		 191 aa  93.2  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  35 
 
 		 181 aa  93.6  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  33.85 
 
 		 222 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  30.39 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  30.67 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  34.46 
 
 		 188 aa  90.5  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  33.7 
 
 		 199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2303  cytochrome B561  34.69 
 
 		 187 aa  89.4  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469268  normal  0.0531302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  35.96 
 
 		 196 aa  88.2  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  32.07 
 
 		 184 aa  87.8  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  30.68 
 
 		 186 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  30.11 
 
 		 181 aa  86.3  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4003  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  31.22 
 
 		 185 aa  85.5  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.288533  normal  0.223807 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  31.89 
 
 		 184 aa  85.1  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  34.1 
 
 		 178 aa  84.3  9e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  28.34 
 
 		 186 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  30.77 
 
 		 185 aa  84.3  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  31.25 
 
 		 189 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2731  cytochrome B561  34.91 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578795  normal  0.080966 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  32.78 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  28.98 
 
 		 186 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1554  cytochrome B561  32.39 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>