88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1653 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1653  putative uracil-DNA glycosylase family protein  100 
 
 		 154 aa  316  7e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000259009  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1828  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.83 
 
 		 198 aa  125  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.134744  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1297  hypothetical protein  44.9 
 
 		 192 aa  121  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627102  normal  0.632291 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2359  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.62 
 
 		 196 aa  121  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000880507  normal  0.472241 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2058  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.37 
 
 		 194 aa  120  7e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0471  hypothetical protein  46.62 
 
 		 193 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.100032  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0676  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.87 
 
 		 202 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.719077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0518  hypothetical protein  48.87 
 
 		 197 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0869  hypothetical protein  42.47 
 
 		 213 aa  113  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4522  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.14 
 
 		 197 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2770  1-(5-phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole- carboxylate (AIR) carboxylase  44.06 
 
 		 194 aa  112  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402973 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002178  uracil-DNA glycosylase  45.86 
 
 		 190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0861  hypothetical protein  41.78 
 
 		 213 aa  111  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2718  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.83 
 
 		 221 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3380  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.45 
 
 		 221 aa  110  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.22739 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2358  hypothetical protein  45.19 
 
 		 210 aa  110  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.752899  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4142  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.25 
 
 		 199 aa  108  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0519945 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1872  hypothetical protein  44.36 
 
 		 199 aa  107  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.637506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00217  uracil-DNA glycosylase  44.36 
 
 		 190 aa  107  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4694  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.93 
 
 		 203 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.294521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1099  uracil-DNA glycosylase  42.65 
 
 		 224 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2858  uracil-DNA glycosylase  42.65 
 
 		 224 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0288683  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0123  Uracil-DNA glycosylase superfamily  37.84 
 
 		 192 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2706  Uracil DNA glycosylase family protein  42.65 
 
 		 224 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4405  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.14 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3942  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.14 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0738689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0908  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.86 
 
 		 206 aa  105  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22302  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1338  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.31 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.382348 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3131  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.35 
 
 		 192 aa  104  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368422  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1474  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  40 
 
 		 228 aa  104  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2644  hypothetical protein  45.11 
 
 		 190 aa  104  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0381  uracil DNA glycosylase superfamily protein  42.65 
 
 		 224 aa  104  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2077  putative uracil-DNA glycosylase protein  41.91 
 
 		 210 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.807763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2314  uracil-DNA glycosylase protein  41.18 
 
 		 210 aa  103  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0588  uracil-DNA glycosylase superfamily  42.96 
 
 		 202 aa  103  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4512  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.19 
 
 		 199 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0298657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3856  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.19 
 
 		 199 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5792  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.5 
 
 		 199 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1518  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.61 
 
 		 232 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3326  hypothetical protein  39.73 
 
 		 225 aa  101  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1797  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.47 
 
 		 220 aa  101  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.804136  normal  0.0343118 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1218  hypothetical protein  40 
 
 		 194 aa  100  6e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.751449  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1775  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  41.33 
 
 		 223 aa  100  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1516  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.33 
 
 		 220 aa  100  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827918  normal  0.649951 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4129  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.73 
 
 		 201 aa  99.4  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1752  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.41 
 
 		 205 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3330  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.54 
 
 		 195 aa  98.6  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.294993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2054  hypothetical protein  42.54 
 
 		 211 aa  98.2  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4034  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.6 
 
 		 169 aa  97.8  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0358964  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2702  hypothetical protein  38.85 
 
 		 200 aa  97.8  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1333  hypothetical protein  36.49 
 
 		 183 aa  97.8  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0915  Uracil-DNA glycosylase  38.81 
 
 		 191 aa  97.1  8e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.316176  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2008  hypothetical protein  34.48 
 
 		 193 aa  96.7  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0845  hypothetical protein  37.58 
 
 		 228 aa  96.7  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.377436  normal  0.873186 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2577  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40 
 
 		 204 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0518194 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2680  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.3 
 
 		 237 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131462 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1081  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.42 
 
 		 178 aa  95.9  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2514  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.93 
 
 		 240 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  hitchhiker  0.00085565 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2769  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  39.86 
 
 		 232 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568899  hitchhiker  0.000000360563 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2582  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.51 
 
 		 240 aa  95.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1608  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  39.86 
 
 		 232 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0279147 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1598  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.77 
 
 		 217 aa  94.4  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.641371  normal  0.405689 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03250  hypothetical protein  39.1 
 
 		 188 aa  94  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3652  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.97 
 
 		 194 aa  93.6  8e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1329  hypothetical protein  39.13 
 
 		 198 aa  93.6  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.96 
 
 		 208 aa  92.8  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1521  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  39.13 
 
 		 214 aa  92.8  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1203  hypothetical protein  39.86 
 
 		 197 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1204  Uracil-DNA glycosylase superfamily  35.81 
 
 		 205 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1574  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36.77 
 
 		 232 aa  91.7  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.708396  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1429  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.06 
 
 		 208 aa  91.3  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  0.935298 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00410  uracil-DNA glycosylase  36.55 
 
 		 200 aa  90.5  8e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4558  uracil-DNA glycosylase superfamily  36.17 
 
 		 201 aa  89.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390923  normal  0.0967806 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1181  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.62 
 
 		 190 aa  89.7  1e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1265  Uracil-DNA glycosylase superfamily  35.14 
 
 		 205 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1928  hypothetical protein  38.26 
 
 		 225 aa  89.4  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.33 
 
 		 220 aa  87  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0412075  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5163  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.62 
 
 		 194 aa  86.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231748  normal  0.418426 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A21  Uracil-DNA glycosylase  31.03 
 
 		 190 aa  85.9  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1082  hypothetical protein  36.84 
 
 		 194 aa  85.9  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0656  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.25 
 
 		 200 aa  84.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.25 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.848547  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03584  uracil-DNA glycosylase  35.34 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0849  hypothetical protein  34.33 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0401189  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0962  uracil-DNA glycosylase  33.11 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0265  hypothetical protein  32.21 
 
 		 223 aa  70.9  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.9997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0771  hypothetical protein  34.68 
 
 		 113 aa  69.7  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1585  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  38.21 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>