More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0359 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 560 aa  1157    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  34.95 
 
 		 551 aa  346  6e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  34.25 
 
 		 546 aa  338  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  31.51 
 
 		 549 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  31.42 
 
 		 533 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  28.87 
 
 		 534 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  30.6 
 
 		 533 aa  237  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  29.76 
 
 		 537 aa  233  9e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  27.77 
 
 		 535 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  27.77 
 
 		 535 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  26.69 
 
 		 535 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  27.58 
 
 		 535 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  27.76 
 
 		 572 aa  192  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  31.53 
 
 		 403 aa  189  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  25 
 
 		 538 aa  187  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  24.5 
 
 		 546 aa  174  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  24.86 
 
 		 540 aa  172  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 549 aa  171  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  25.54 
 
 		 535 aa  169  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  25.75 
 
 		 547 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  29.57 
 
 		 449 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  22.99 
 
 		 561 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  29.07 
 
 		 555 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  30.25 
 
 		 421 aa  148  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  29.62 
 
 		 540 aa  145  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  26.63 
 
 		 553 aa  144  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  26.69 
 
 		 416 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  20.46 
 
 		 513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  28.73 
 
 		 561 aa  126  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  27.51 
 
 		 577 aa  126  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  29.49 
 
 		 587 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 539 aa  106  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  22.7 
 
 		 533 aa  89.7  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1860  putative response regulator  22.51 
 
 		 432 aa  80.1  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.436307  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 130 aa  77.8  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0125  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 131 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2968  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715649 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3428  chemotaxis protein CheY  33.33 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2852  chemotaxis protein CheY  33.33 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3123  chemotaxis protein CheY  33.33 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.774714  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3176  hypothetical protein  33.33 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1690  chemotaxis protein CheY  33.33 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3849  chemotaxis protein CheY  33.33 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3930  chemotaxis protein CheY  33.33 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0070  chemotaxis protein CheY  33.87 
 
 		 188 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27950  Response regulator CheY  31.97 
 
 		 148 aa  73.2  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00952762  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1181  response regulator receiver domain-containing protein  33.87 
 
 		 131 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.84 
 
 		 251 aa  72.8  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1285  response regulator receiver  33.87 
 
 		 131 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0521811 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2018  response regulator receiver domain-containing protein  31.9 
 
 		 129 aa  70.5  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0741  chemotaxis response regulator transcription regulator protein  32.03 
 
 		 134 aa  70.5  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1366  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 131 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.280194  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0262  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0175  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327239  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0171  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566468  normal  0.360629 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3364  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  23.31 
 
 		 576 aa  69.7  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2845  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114942  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0188  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0244  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.998065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0885  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 127 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123702  hitchhiker  0.00202919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4055  response regulator receiver protein  30.33 
 
 		 133 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0748  response regulator receiver domain-containing protein  32 
 
 		 137 aa  69.3  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.927301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3825  response regulator receiver domain-containing protein  29.75 
 
 		 283 aa  69.3  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4167  response regulator receiver protein  30.33 
 
 		 133 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.937704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1653  chemotaxis protein CheY  35.16 
 
 		 130 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000247542  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1455  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 123 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.293422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2289  chemotaxis protein CheY  34.38 
 
 		 122 aa  68.6  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3048  response regulator receiver protein  32.03 
 
 		 127 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0702091 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1200  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 123 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0192421  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3808  response regulator receiver protein  32.54 
 
 		 131 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3209  chemotaxis protein CheY  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2918  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.67374  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3050  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.217098 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2908  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2558  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.87788  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3160  response regulator receiver domain-containing protein  34.13 
 
 		 131 aa  68.2  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1300  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1367  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.769538  normal  0.49981 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1360  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.174372  normal  0.090944 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2279  response regulator receiver protein  32.03 
 
 		 127 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0135574  normal  0.58639 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0897  response regulator receiver domain-containing protein  33.88 
 
 		 131 aa  67.8  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.13034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002833  chemotaxis regulator CheY  34.38 
 
 		 126 aa  67.8  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000239201  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1402  chemotaxis response regulator transcription regulator protein  30.33 
 
 		 133 aa  67.4  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.176551 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1344  response regulator receiver  32.03 
 
 		 127 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70790  putative two-component response regulator  31.2 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.864147 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03143  hypothetical protein  34.38 
 
 		 130 aa  67.4  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1384  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 127 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0134523  normal  0.274763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2979  chemotaxis regulatory protein CheY  30.51 
 
 		 129 aa  67.4  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6143  putative two-component response regulator  31.2 
 
 		 300 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1636  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 127 aa  66.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.394594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1860  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 129 aa  66.6  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0489  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 127 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0419  response regulator receiver  32.76 
 
 		 127 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487855  normal  0.449259 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0452  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 127 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.205923 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2351  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 231 aa  65.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.274912  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2712  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 131 aa  65.9  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1379  response regulator receiver protein  32.03 
 
 		 135 aa  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415787  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2606  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 129 aa  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.677486  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1517  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 129 aa  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>