More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3842 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3842  nickel transporter ATP-binding protein NikD  100 
 
 
254 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03328  nickel transporter subunit  98.82 
 
 
254 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03281  hypothetical protein  98.82 
 
 
254 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3963  nickel transporter ATP-binding protein NikD  98.82 
 
 
254 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0237  nickel transporter ATP-binding protein NikD  98.82 
 
 
254 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0236  nickel import ATP-binding protein NikD  98.43 
 
 
254 aa  503  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3763  nickel transporter ATP-binding protein NikD  97.64 
 
 
254 aa  500  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3678  nickel transporter ATP-binding protein NikD  98.03 
 
 
254 aa  501  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4819  nickel transporter ATP-binding protein NikD  97.64 
 
 
254 aa  500  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1837  nickel transporter ATP-binding protein NikD  78.74 
 
 
254 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432894  hitchhiker  0.00636527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2274  nickel transporter ATP-binding protein NikD  59.61 
 
 
261 aa  296  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0974344  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7617  nickel transporter ATP-binding protein NikD  60.08 
 
 
262 aa  283  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0801  nickel transporter ATP-binding protein NikD  59.41 
 
 
262 aa  263  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.789895  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6073  nickel transporter ATP-binding protein NikD  56.36 
 
 
260 aa  255  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3008  nickel transporter ATP-binding protein NikD  49.8 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.281853  normal  0.843842 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1324  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  48.15 
 
 
517 aa  226  4e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000609088  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2399  ABC transporter related  46.1 
 
 
340 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3345  nickel transporter ATP-binding protein NikD  48.59 
 
 
256 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.172909  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0142  ABC transporter  44 
 
 
527 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2030  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  43.51 
 
 
338 aa  187  2e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0575339  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5352  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  45.11 
 
 
350 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D21  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  43.51 
 
 
338 aa  186  4e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3744  ABC transporter-like  43.2 
 
 
537 aa  184  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.398747  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0264  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
527 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1182  ABC transporter related  41.77 
 
 
569 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3489  glutathione import ATP-binding protein GsiA  42.75 
 
 
537 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3016  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  45.73 
 
 
329 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2900  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  45.73 
 
 
329 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.208244  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0354  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.3 
 
 
329 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0759  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.15 
 
 
353 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0388  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  45.3 
 
 
329 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.440063  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1615  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.83 
 
 
353 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1537  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  45.3 
 
 
329 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1727  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein OppD  45.3 
 
 
329 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.957912  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1250  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.73 
 
 
329 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0899  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.21 
 
 
347 aa  178  7e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.61652  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2216  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.91 
 
 
329 aa  178  9e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2421  ABC transporter for oligopeptide ATP binding protein  39.74 
 
 
577 aa  177  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000293811 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1092  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.8 
 
 
347 aa  176  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00314713  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4733  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.64 
 
 
330 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0338  oligopeptide transport ATP-binding protein OppD  39.53 
 
 
290 aa  177  2e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0250255  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5321  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  44.64 
 
 
330 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.525379  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5539  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  44.64 
 
 
330 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0658459  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3266  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.11 
 
 
330 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496309  normal  0.0441332 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2828  ABC transporter related  45.23 
 
 
613 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.966478  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2456  ABC transporter related  45.34 
 
 
566 aa  176  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1303  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.92932  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4105  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1104  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1086  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1080  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1237  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.180341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1264  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1194  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118138  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1406  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  41.6 
 
 
361 aa  176  3e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1541  ABC transporter related  42.68 
 
 
541 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1341  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  42.8 
 
 
347 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000765858  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0062  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.42 
 
 
321 aa  176  4e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0983  ABC transporter related  37.74 
 
 
260 aa  175  6e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0278331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6178  ABC transporter, ATP-binding protein  41.04 
 
 
322 aa  175  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.927317  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5410  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.06 
 
 
330 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3919  ABC transporter related  42.55 
 
 
543 aa  175  8e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2263  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.41 
 
 
321 aa  174  8e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0306947  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4863  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  45.06 
 
 
330 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.219128  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2905  ABC transporter  41.11 
 
 
525 aa  174  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.252651 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0788  ABC transporter related  44.35 
 
 
576 aa  174  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.588139  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2226  ABC transporter related protein  41.45 
 
 
620 aa  174  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.993746  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7191  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  42.74 
 
 
564 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453207  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0817  ABC transporter related  44.73 
 
 
545 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252314  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5559  ABC transporter related  42.62 
 
 
570 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.153225  normal  0.0799333 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3032  peptide ABC transporter, ATP-binding protein, putative  41.2 
 
 
525 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158001  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0118  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.35 
 
 
330 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1185  ABC transporter related  40.6 
 
 
547 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2723  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  43.46 
 
 
324 aa  173  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  0.451475 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2473  ABC transporter related  40.24 
 
 
588 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146022  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2963  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.68 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0866  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.08 
 
 
331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4761  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.74 
 
 
331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3076  ABC transporter-like  41.37 
 
 
524 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26180  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain  44.54 
 
 
575 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.204743 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0090  oligopeptide transport ATP-binding protein  40.68 
 
 
530 aa  172  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4449  ABC transporter related  43.04 
 
 
545 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.875798 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0532  putative peptide ABC transporter, ATP-binding protein  45.19 
 
 
530 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2057  ABC transporter related  41.41 
 
 
537 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0471715  normal  0.693771 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29680  ABC transporter, ATP binding component  41.18 
 
 
537 aa  172  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0246021  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1291  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  42.56 
 
 
337 aa  172  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.276741  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0751  ABC transporter related  42.26 
 
 
557 aa  172  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2573  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  41.03 
 
 
333 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.194756  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4080  ABC transporter related  40.25 
 
 
542 aa  171  6.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0292  ABC transporter foroligopeptide/dipeptide ATP-binding protein  40.8 
 
 
530 aa  171  6.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2209  ABC transporter related  41.28 
 
 
542 aa  171  9e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326804  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1933  ABC transporter related  41.28 
 
 
542 aa  171  9e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.120655  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18010  ATPase component of various ABC-type transport systems with duplicated ATPase domain  42.98 
 
 
568 aa  171  9e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.527166  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0190  ABC transporter related  38.3 
 
 
530 aa  171  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2643  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.74 
 
 
327 aa  171  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.791522  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3722  ABC transporter related  40.78 
 
 
535 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00680128  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001851  oligopeptide transport ATP-binding protein OppD  41.49 
 
 
285 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41160  putative ATP-binding component of ABC transporter  43.53 
 
 
536 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0888  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.16 
 
 
331 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0196  ABC transporter related  38.3 
 
 
530 aa  171  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>