217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0014 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 93 bp  101  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 93 bp  101  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 86 bp  60  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_002950  PGt09  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.177778 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  84.15 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0008  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.117408  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1169  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000109978  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000614795  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  86.79 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0008  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000307717  hitchhiker  0.0000000040984 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0003  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0135552  hitchhiker  0.000657506 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  86.79 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  86.79 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0004  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000214233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000134198  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>