More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1919 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
310 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  64.38 
 
 
300 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.38 
 
 
300 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.16 
 
 
305 aa  366  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.33 
 
 
319 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.97 
 
 
311 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.2 
 
 
301 aa  362  4e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  63.95 
 
 
301 aa  360  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.21 
 
 
301 aa  361  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.11 
 
 
311 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.26 
 
 
308 aa  359  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.59 
 
 
300 aa  358  7e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.36 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.41 
 
 
310 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.96 
 
 
304 aa  344  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.69 
 
 
307 aa  344  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.7 
 
 
304 aa  342  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.99 
 
 
307 aa  340  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.6 
 
 
301 aa  338  7e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.4 
 
 
301 aa  334  1e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.04 
 
 
310 aa  332  5e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.45 
 
 
300 aa  332  5e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.27 
 
 
305 aa  325  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  61.99 
 
 
304 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.82 
 
 
310 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.37 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.33 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.33 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.33 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  54.76 
 
 
301 aa  319  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  59.16 
 
 
313 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
313 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
313 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.6 
 
 
304 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.22 
 
 
300 aa  316  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.76 
 
 
296 aa  315  5e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
298 aa  314  9.999999999999999e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
300 aa  312  3.9999999999999997e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.27 
 
 
304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  58.52 
 
 
313 aa  309  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0195  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  62.42 
 
 
304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.48 
 
 
311 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1028  dipeptide ABC transporter, permease protein  54.98 
 
 
309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.29309  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.27 
 
 
304 aa  298  9e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165085  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.92 
 
 
289 aa  293  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.01 
 
 
277 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.98 
 
 
300 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.77 
 
 
300 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.92 
 
 
290 aa  272  7e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.29 
 
 
291 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.75 
 
 
285 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.79 
 
 
278 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4038  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  53.79 
 
 
278 aa  266  5e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3553  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  53.79 
 
 
278 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.09 
 
 
286 aa  255  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.33 
 
 
298 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.33 
 
 
298 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.99 
 
 
298 aa  251  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.99 
 
 
298 aa  251  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.14 
 
 
295 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  43.99 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  43.99 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.99 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.33 
 
 
301 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
298 aa  248  7e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
295 aa  246  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
287 aa  246  3e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  46.05 
 
 
300 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
300 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  47.64 
 
 
300 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.64 
 
 
294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.46 
 
 
296 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.85 
 
 
310 aa  241  2e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
304 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.91 
 
 
282 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
285 aa  234  9e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  40.75 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.75 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  40.75 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  40.75 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.82 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  47.15 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  40.75 
 
 
299 aa  233  3e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  46.72 
 
 
301 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
302 aa  233  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
303 aa  231  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  43.77 
 
 
279 aa  230  2e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
303 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.46 
 
 
294 aa  229  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.82 
 
 
300 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  45.09 
 
 
302 aa  229  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
309 aa  229  5e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  44.93 
 
 
304 aa  228  7e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.77 
 
 
306 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
299 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>