More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3479 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  628  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 312 aa  444  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 313 aa  414  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  64.86 
 
 		 322 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  62.84 
 
 		 305 aa  381  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  63.51 
 
 		 307 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 307 aa  378  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  64.71 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  65.16 
 
 		 316 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 313 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60.94 
 
 		 302 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  64.86 
 
 		 322 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 304 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  61.36 
 
 		 302 aa  359  4e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 297 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 297 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 297 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  53.08 
 
 		 297 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  55.59 
 
 		 300 aa  339  2.9999999999999998e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 297 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 305 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 317 aa  275  9e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 317 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 317 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 317 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 317 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 317 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 317 aa  272  6e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 307 aa  266  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 307 aa  265  8.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 310 aa  258  9e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  36.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  34.54 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.99 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34.54 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  34.54 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  34.54 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  34.54 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 310 aa  170  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  37.88 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.56 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.73 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 298 aa  160  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>