66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1591 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1584  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  93.82 
 
 		 372 aa  723    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4554  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  92.72 
 
 		 373 aa  714    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1591  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  100 
 
 		 372 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.442624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5702  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  86.83 
 
 		 372 aa  697    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4159  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  69.09 
 
 		 359 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1563  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  62.97 
 
 		 392 aa  487  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.246626  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3103  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  60.54 
 
 		 368 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1044  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  61.71 
 
 		 368 aa  475  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.131119 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1011  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  59.19 
 
 		 368 aa  472  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3299  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  59.19 
 
 		 368 aa  472  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2912  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  58.65 
 
 		 368 aa  466  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1987  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  59.19 
 
 		 367 aa  458  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0246  Methionine synthase vitamin-B12 independent  60.6 
 
 		 371 aa  457  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2698  methionine synthase, vitamin-B12 independent  46.52 
 
 		 373 aa  363  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0426462  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3388  methionine synthase, vitamin-B12 independent  49.59 
 
 		 377 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.101975  normal  0.0229793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1745  Methionine synthase vitamin-B12 independent  49.19 
 
 		 373 aa  358  7e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1586  methionine synthase, vitamin-B12 independent  48.4 
 
 		 371 aa  358  9e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1559  Methionine synthase vitamin-B12 independent  49.19 
 
 		 369 aa  353  2e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1870  methionine synthase, vitamin-B12 independent  47.75 
 
 		 378 aa  350  2e-95  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3379  Methionine synthase vitamin-B12 independent  49.33 
 
 		 376 aa  348  7e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.101236  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36700  methionine synthase II (cobalamin-independent)  48.27 
 
 		 373 aa  346  4e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.829252  normal  0.784973 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1661  hypothetical protein  47.11 
 
 		 366 aa  346  4e-94  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1081  methionine synthase, vitamin-B12 independent  45.5 
 
 		 379 aa  338  9e-92  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.351458  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1801  methionine synthase II (cobalamin-independent)  46.56 
 
 		 375 aa  325  8.000000000000001e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1718  hypothetical protein  42.4 
 
 		 378 aa  318  6e-86  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1803  hypothetical protein  43.55 
 
 		 375 aa  317  2e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0752  hypothetical protein  42.06 
 
 		 369 aa  313  1.9999999999999998e-84  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.751192  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3283  Methionine synthase vitamin-B12 independent  42.23 
 
 		 394 aa  311  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0268  Methionine synthase vitamin-B12 independent  41.69 
 
 		 375 aa  297  2e-79  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1190  methionine synthase II (cobalamin-independent)  38.07 
 
 		 385 aa  268  1e-70  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2926  Methionine synthase vitamin-B12 independent  39.79 
 
 		 367 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3115  Methionine synthase vitamin-B12 independent  37.97 
 
 		 366 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05019  Methionine synthase, vitamin-B12 independent, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12060)  35.04 
 
 		 438 aa  224  3e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.807041 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0933  methionine synthase (B12-independent)  36.56 
 
 		 369 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.254746  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1254  MetE protein  32.82 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0585  methionine synthase vitamin-B12 independent  25.64 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.246635  hitchhiker  0.00634375 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1170  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocystei ne methyltransferase  24.32 
 
 		 388 aa  87  4e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2516  methionine synthase, vitamin-B12 independent  23.42 
 
 		 340 aa  87  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57162 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2758  methionine synthase vitamin-B12 independent  22.52 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000302857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0030  methionine synthase, vitamin-B12 independent  21.17 
 
 		 384 aa  73.2  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0945  methionine synthase vitamin-B12 independent  21.17 
 
 		 384 aa  72.8  0.000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.8649  hitchhiker  0.000170069 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2108  methionine synthase  22.89 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.112744  normal  0.0912449 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0648  methionine synthase (B12-independent)  21.17 
 
 		 384 aa  71.2  0.00000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1072  methionine synthase, vitamin-B12 independent  20.78 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.564481 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0080  methionine synthase  23.51 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0497366  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1089  Methionine synthase vitamin-B12 independent  23.14 
 
 		 366 aa  67  0.0000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5820  Methionine synthase vitamin-B12 independent  21.51 
 
 		 342 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.392769 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1757  methionine synthase  23.85 
 
 		 342 aa  62  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2396  Methionine synthase vitamin-B12 independent  22.31 
 
 		 358 aa  60.1  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0981  methionine synthase vitamin-B12 independent  22.03 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3721  Methionine synthase vitamin-B12 independent  21.41 
 
 		 365 aa  55.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0129115  normal  0.3687 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2808  Methionine synthase II (cobalamin-independent)- like protein  24.56 
 
 		 395 aa  55.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2667  methionine synthase  20.89 
 
 		 355 aa  52.8  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04810  methionine synthase II (cobalamin-independent)  31.25 
 
 		 404 aa  51.6  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0581869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2248  methionine synthase  19.53 
 
 		 331 aa  51.6  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.88722  normal  0.0178602 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4810  methionine synthase (B12-independent)  22.35 
 
 		 370 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2409  methionine synthase, vitamin-B12 independent  22.25 
 
 		 377 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8776  MetE  22.54 
 
 		 367 aa  47.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2188  methionine synthase (B12-independent)  22.11 
 
 		 344 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1385  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  20 
 
 		 332 aa  47  0.0005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.25974  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1991  methionine synthase, vitamin-B12 independent  23.21 
 
 		 390 aa  47  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0521  methionine synthase, vitamin-B12 independent  22.45 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2113  Methionine synthase vitamin-B12 independent  22.07 
 
 		 353 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.044306  normal  0.413093 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1122  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  21.84 
 
 		 755 aa  44.3  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0904662  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2812  Methionine synthase II (cobalamin-independent)- like protein  22.89 
 
 		 396 aa  44.3  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0333252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0538  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  25.21 
 
 		 767 aa  43.5  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.952319  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>