69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4561 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4561  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  100 
 
 		 116 aa  228  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.18 
 
 		 99 aa  63.5  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.77 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.181199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  36.84 
 
 		 100 aa  57  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.71 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.97 
 
 		 85 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.68 
 
 		 82 aa  53.5  0.0000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.42 
 
 		 98 aa  51.6  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.91 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.13 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.05 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 		 83 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.12267 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.25 
 
 		 71 aa  47.8  0.00006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.03 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  39.44 
 
 		 82 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  39.44 
 
 		 82 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  38.03 
 
 		 82 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  38.03 
 
 		 82 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  30 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  38.03 
 
 		 82 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  40.58 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.03 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.62 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  31.25 
 
 		 71 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.57 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  42.03 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.58 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.53 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1642  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.3 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  27.59 
 
 		 89 aa  42.7  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  30.3 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0764  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.63 
 
 		 92 aa  43.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.18 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1763  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.71 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  36.62 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 		 76 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0366  hypothetical protein  31.03 
 
 		 78 aa  42  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.11 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.23 
 
 		 89 aa  41.2  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.95 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.305152  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2538  hydrogenase expression/formation protein HypC  35.44 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2393  hydrogenase expression/formation protein HypC  35.44 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.58 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.123557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.38 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.86 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.05 
 
 		 83 aa  40.8  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.65 
 
 		 86 aa  40.8  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.62 
 
 		 82 aa  40.4  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  31.17 
 
 		 93 aa  40.8  0.007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.72 
 
 		 79 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.75 
 
 		 95 aa  40.4  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.11 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.44 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.44 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.44 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>