65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2268 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2268  PilT protein-like  100 
 
 		 136 aa  272  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.375245  normal  0.653218 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1745  hypothetical protein  35 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.111971 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3791  PilT domain-containing protein  38.35 
 
 		 131 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0127598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4269  PilT protein, N-terminal  38.35 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.692119  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4717  PilT domain-containing protein  38.35 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.603511 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4194  PilT domain-containing protein  38.35 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.82082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2032  PilT domain-containing protein  37.82 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4312  PilT protein-like  34.38 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.693301  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4553  PilT protein-like  34.38 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0286007  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0660  hypothetical protein  36.19 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.246636  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1056  PilT protein domain protein  28.12 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0434852 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1068  PilT protein domain protein  39.37 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.741251  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2220  PilT protein domain protein  34.95 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1949  PilT protein domain protein  32.28 
 
 		 128 aa  57  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1939  PilT protein domain protein  31.2 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0697  hypothetical protein  32.31 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2398  PilT domain-containing protein  37.04 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0277  hypothetical protein  27.69 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0011733  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0608  PilT protein domain protein  35.05 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.332384  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2909  PilT protein domain protein  35.83 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2422  hypothetical protein  37.23 
 
 		 128 aa  52  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1720  PilT protein domain protein  31.91 
 
 		 129 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0789  PilT domain-containing protein  32 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.513324  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00629  PilT protein domain protein  28.91 
 
 		 128 aa  51.2  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000365497  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0047  PilT protein domain protein  36.51 
 
 		 128 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3327  PilT protein domain protein  36.29 
 
 		 131 aa  51.6  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2529  PilT protein domain protein  33.07 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2940  PilT domain-containing protein  32.8 
 
 		 129 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.085873  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2648  PilT domain-containing protein  32.28 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0721441 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3824  PilT protein-like  31.5 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3632  PilT protein domain protein  35.61 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12844  hypothetical protein  30.95 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000370352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2224  PilT protein domain protein  33.6 
 
 		 126 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0628  PilT domain-containing protein  30.6 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478987  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0706  PilT domain-containing protein  31.5 
 
 		 129 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.816914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1408  PilT protein domain protein  28.68 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.748056  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4034  PilT protein-like  29.46 
 
 		 128 aa  47.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.507909 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4043  PilT protein-like  30.95 
 
 		 127 aa  46.2  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.280073  normal  0.218169 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2346  PilT protein domain protein  34.78 
 
 		 128 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2598  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0709656  normal  0.0156021 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4123  PilT protein domain protein  33.33 
 
 		 126 aa  45.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.454937  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3715  PilT domain-containing protein  29.92 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0601342 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1292  hypothetical protein  31.18 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1428  PilT protein domain protein  30.4 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1565  PilT domain-containing protein  29.69 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2680  PilT protein domain protein  28.35 
 
 		 128 aa  44.3  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4004  PilT protein domain protein  28 
 
 		 127 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000733921  hitchhiker  0.00000000266973 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2442  PilT domain-containing protein  33.59 
 
 		 124 aa  43.9  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0388394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0669  PilT protein domain protein  25.6 
 
 		 128 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31850  PIN domain family protein  29.77 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0671  PilT domain-containing protein  26.56 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3439  PilT protein domain protein  29.23 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4379  PilT protein domain protein  32.28 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3687  PilT domain-containing protein  29.6 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000701912 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0280  hypothetical protein  27.69 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0688  PilT protein domain protein  25.6 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00227105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1995  PilT domain-containing protein  31.78 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.691704  normal  0.0431251 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0205  PilT protein domain protein  31.01 
 
 		 128 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.696325  normal  0.132115 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3503  hypothetical protein  28.57 
 
 		 124 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000000742258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3315  PilT protein domain protein  28.57 
 
 		 133 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.424666  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6344  PilT protein, N-terminal  29.13 
 
 		 125 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000192359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1038  PilT domain-containing protein  28.57 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.442383 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0767  PilT protein-like  25.78 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.351411  normal  0.156815 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0064  PilT domain-containing protein  30.47 
 
 		 128 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.859731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3678  hypothetical protein  32.22 
 
 		 94 aa  40  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.36052  normal  0.638974 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>