More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1031 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1031  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  704    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2131  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 313 aa  423  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1844  LysR family transcription regulator  62.14 
 
 		 311 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00735854  normal  0.299605 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.2 
 
 		 292 aa  216  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.74 
 
 		 290 aa  212  9e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.54 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.54 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.54 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.54 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.54 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  38.54 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.54 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.87 
 
 		 288 aa  209  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.09 
 
 		 290 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.88 
 
 		 286 aa  202  8e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.75 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.75 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.75 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.08 
 
 		 291 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 268 aa  188  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.55 
 
 		 268 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.81 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 311 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 308 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 325 aa  165  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  33.99 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.91 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  32.72 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.48 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.34 
 
 		 317 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  30.49 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000276986  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.17 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2061  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000270616  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 294 aa  133  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  27.6 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2561  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 298 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2159  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106739  normal  0.0959224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2236  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000156139  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  27.87 
 
 		 294 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 300 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 309 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  28.76 
 
 		 293 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 302 aa  126  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2367  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000294831  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>