More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3563 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
130 aa  270  6e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  97.69 
 
 
130 aa  265  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  83.46 
 
 
155 aa  235  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  62.6 
 
 
133 aa  167  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  51.28 
 
 
131 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  50.85 
 
 
131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  47.9 
 
 
149 aa  122  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.32 
 
 
135 aa  92.8  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.88 
 
 
133 aa  92.8  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  37.29 
 
 
141 aa  92.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.29 
 
 
132 aa  85.5  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  34.17 
 
 
133 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  35.2 
 
 
139 aa  84.3  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
132 aa  83.6  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.19 
 
 
137 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  37.4 
 
 
126 aa  82  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.59 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
132 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.29 
 
 
136 aa  82  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
132 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
136 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.5 
 
 
137 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  32.5 
 
 
136 aa  80.5  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  33.06 
 
 
135 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
133 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  34.43 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
123 aa  79.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.9 
 
 
142 aa  79  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.45 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.48 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.96 
 
 
140 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.91 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.83 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.91 
 
 
136 aa  77  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.86 
 
 
135 aa  77  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  32.52 
 
 
139 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  32.52 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.91 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  32.26 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.3 
 
 
137 aa  73.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.93 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.06 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
137 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  24.59 
 
 
137 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
143 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.38 
 
 
154 aa  70.9  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.6 
 
 
154 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
146 aa  70.1  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  36.27 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.84 
 
 
153 aa  69.7  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.48 
 
 
131 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  29.91 
 
 
133 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.15 
 
 
133 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.38 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  36.36 
 
 
137 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.32 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.69 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  38.46 
 
 
154 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.37 
 
 
154 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.59 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
131 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.15 
 
 
130 aa  67  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.84 
 
 
133 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.62 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.51 
 
 
158 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.69 
 
 
133 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  28.69 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  36.8 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.39 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.37 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.93 
 
 
162 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.17 
 
 
131 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.39 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.23 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38 
 
 
162 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.86 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.51 
 
 
124 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.86 
 
 
213 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.86 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  33.58 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.48 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.58 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.65 
 
 
134 aa  62.8  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.51 
 
 
161 aa  62.8  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.17 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.62 
 
 
132 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  26.67 
 
 
135 aa  62  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.29 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  26.67 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.59 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  26.67 
 
 
135 aa  62  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  35.29 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.67 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  26.67 
 
 
135 aa  62  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  30.08 
 
 
135 aa  62  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>