More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3096 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3096  glycine cleavage system protein H  100 
 
 		 125 aa  256  9e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2804  glycine cleavage system protein H  63.2 
 
 		 127 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0629199  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1346  glycine cleavage system protein H  62.4 
 
 		 127 aa  158  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32985  glycine cleavage system protein H  63.2 
 
 		 127 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0356565  hitchhiker  0.0000202177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0989  glycine cleavage system protein H  61.29 
 
 		 127 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0994  glycine cleavage system protein H  58.87 
 
 		 127 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1026  glycine cleavage system protein H  60.48 
 
 		 127 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.946369 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4229  glycine cleavage system protein H  58.06 
 
 		 127 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.012135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4391  glycine cleavage system protein H  58.4 
 
 		 127 aa  150  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.175178 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1097  glycine cleavage system protein H  58.4 
 
 		 127 aa  144  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1277  glycine cleavage system H protein  57.6 
 
 		 127 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375217  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  56.67 
 
 		 127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  52.85 
 
 		 127 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  52.03 
 
 		 129 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3020  glycine cleavage system H protein  49.59 
 
 		 124 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.29213  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0834  glycine cleavage system protein H  52.89 
 
 		 129 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  52.03 
 
 		 127 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  51.22 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3676  glycine cleavage system protein H  49.19 
 
 		 129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.134478  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  49.59 
 
 		 129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3618  glycine cleavage system protein H  49.19 
 
 		 129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3800  glycine cleavage system protein H  49.19 
 
 		 129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0618  glycine cleavage system protein H  49.59 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.475927  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  48.76 
 
 		 126 aa  126  8.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  48.76 
 
 		 126 aa  126  8.000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 130 aa  125  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2695  glycine cleavage system protein H  51.67 
 
 		 123 aa  125  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  50.81 
 
 		 126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3968  glycine cleavage system protein H  49.59 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0721397  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3300  glycine cleavage system H protein  47.15 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.906564  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3674  glycine cleavage system protein H  48.76 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  50.43 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  52.14 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3146  glycine cleavage system H protein  47.9 
 
 		 124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.372329  normal  0.912262 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2684  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.418167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 129 aa  125  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3072  glycine cleavage system protein H  49.58 
 
 		 131 aa  124  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.132267 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3591  glycine cleavage system protein H  47.97 
 
 		 129 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5959  glycine cleavage system protein H  54.95 
 
 		 142 aa  123  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  54.05 
 
 		 130 aa  123  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000111817  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0839  glycine cleavage system protein H  48.36 
 
 		 130 aa  122  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0734  glycine cleavage system protein H  53.66 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.5619  normal  0.0299013 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0907  glycine cleavage H-protein  47.5 
 
 		 130 aa  122  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00862  glycine cleavage system protein H  46.34 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1432  glycine cleavage system protein H  48.33 
 
 		 124 aa  122  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  51.24 
 
 		 127 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1560  glycine cleavage system H protein  48.74 
 
 		 124 aa  121  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2253  glycine cleavage system protein H  47.93 
 
 		 120 aa  121  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0487645  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1812  glycine cleavage system protein H  46.72 
 
 		 131 aa  121  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  54.95 
 
 		 129 aa  121  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  47.93 
 
 		 130 aa  121  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0623  glycine cleavage system protein H  49.18 
 
 		 130 aa  121  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1867  glycine cleavage system H protein  50.41 
 
 		 122 aa  120  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0347749  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0050  glycine cleavage system H protein  50.81 
 
 		 124 aa  120  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.968123  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0676  glycine cleavage system H protein  51.69 
 
 		 127 aa  120  8e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1095  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 122 aa  120  9e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171201  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0864  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 128 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.786548  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1723  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000363297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3831  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 128 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.396771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0689  glycine cleavage system protein H  47.97 
 
 		 125 aa  119  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.904294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3481  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0868  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 128 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3330  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 126 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3310  glycine cleavage system protein H  47.06 
 
 		 136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3436  glycine cleavage system protein H  47.9 
 
 		 135 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1275  glycine cleavage system H protein  44.35 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421201  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1216  glycine cleavage system H protein  47.54 
 
 		 125 aa  118  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00705649 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2298  glycine cleavage system protein H  50.83 
 
 		 118 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 127 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1890  glycine cleavage system protein H  48.33 
 
 		 120 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467152  hitchhiker  0.00604337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0811  glycine cleavage system protein H  47.79 
 
 		 130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.061834  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2194  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0869  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.731856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2092  glycine cleavage system protein H  48.33 
 
 		 120 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.206967  normal  0.370959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2200  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 125 aa  117  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.330883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4011  glycine cleavage system H protein  47.66 
 
 		 134 aa  117  7e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.109498  normal  0.181592 
 
 
-
 
NC_006683  CNN00460  glycine dehydrogenase (decarboxylating), putative  45.38 
 
 		 160 aa  116  7.999999999999999e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.528435  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1017  glycine cleavage system protein H  48.39 
 
 		 122 aa  116  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  47.06 
 
 		 126 aa  116  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0116  glycine cleavage system protein H  46.77 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>