More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1346 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1346  glycine cleavage system protein H  100 
 
 		 127 aa  254  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2804  glycine cleavage system protein H  72.44 
 
 		 127 aa  184  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0629199  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32985  glycine cleavage system protein H  72.44 
 
 		 127 aa  184  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0356565  hitchhiker  0.0000202177 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1026  glycine cleavage system protein H  63.78 
 
 		 127 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.946369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4391  glycine cleavage system protein H  63.78 
 
 		 127 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.175178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0989  glycine cleavage system protein H  63.78 
 
 		 127 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236065  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1277  glycine cleavage system H protein  65.35 
 
 		 127 aa  167  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375217  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0994  glycine cleavage system protein H  62.2 
 
 		 127 aa  166  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1097  glycine cleavage system protein H  62.2 
 
 		 127 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4229  glycine cleavage system protein H  63.78 
 
 		 127 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.012135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3096  glycine cleavage system protein H  62.4 
 
 		 125 aa  158  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3436  glycine cleavage system protein H  52.89 
 
 		 135 aa  133  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0689  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 125 aa  130  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.904294  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  53.23 
 
 		 127 aa  129  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2200  glycine cleavage system protein H  49.21 
 
 		 125 aa  127  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.330883 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0680  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 122 aa  127  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0726  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 122 aa  127  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0839  glycine cleavage system protein H  51.24 
 
 		 130 aa  127  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3310  glycine cleavage system protein H  47.11 
 
 		 136 aa  127  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0623  glycine cleavage system protein H  51.24 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3863  glycine cleavage system protein H  47.15 
 
 		 122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394687  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  49.18 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3300  glycine cleavage system H protein  51.69 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.906564  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1812  glycine cleavage system protein H  49.19 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3915  glycine cleavage system H protein  50.43 
 
 		 128 aa  124  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1017  glycine cleavage system protein H  49.15 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3146  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 124 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.372329  normal  0.912262 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2298  glycine cleavage system protein H  52.5 
 
 		 118 aa  123  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5427  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 127 aa  123  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.801429  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00862  glycine cleavage system protein H  47.54 
 
 		 129 aa  123  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  48.78 
 
 		 126 aa  122  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3020  glycine cleavage system H protein  51.72 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.29213  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 127 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1560  glycine cleavage system H protein  50.83 
 
 		 124 aa  122  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1867  glycine cleavage system H protein  50.85 
 
 		 122 aa  122  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0347749  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0618  glycine cleavage system protein H  48.36 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.475927  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3676  glycine cleavage system protein H  48.36 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.134478  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3800  glycine cleavage system protein H  48.36 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3618  glycine cleavage system protein H  48.36 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0868  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 128 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0834  glycine cleavage system protein H  48.36 
 
 		 129 aa  121  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3831  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 128 aa  121  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.396771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0864  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 128 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.786548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0317  glycine cleavage system H protein  55.08 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  52.99 
 
 		 127 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1432  glycine cleavage system protein H  47.9 
 
 		 124 aa  120  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  55.75 
 
 		 129 aa  120  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2194  glycine cleavage system protein H  50.83 
 
 		 118 aa  120  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0869  glycine cleavage system protein H  50.83 
 
 		 118 aa  120  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.731856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2392  glycine cleavage system H protein  46.67 
 
 		 119 aa  120  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.368043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3591  glycine cleavage system protein H  48.76 
 
 		 129 aa  120  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0811  glycine cleavage system protein H  49.56 
 
 		 130 aa  120  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.061834  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6034  glycine cleavage system protein H  51.3 
 
 		 120 aa  120  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0418539  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05972  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 126 aa  120  9e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2210  glycine cleavage system H protein  53.51 
 
 		 121 aa  120  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194358  normal  0.155334 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0177  glycine cleavage system protein H  46.4 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0213  glycine cleavage system protein H  45.53 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3968  glycine cleavage system protein H  48.36 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0721397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1216  glycine cleavage system H protein  49.21 
 
 		 125 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00705649 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2684  glycine cleavage system H protein  50.43 
 
 		 123 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.418167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  46.72 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0953  glycine cleavage system protein H  47.83 
 
 		 126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0247  glycine cleavage system protein H  49.59 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0764  glycine cleavage system protein H  51.72 
 
 		 126 aa  118  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  45.08 
 
 		 130 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3621  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 120 aa  118  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  0.082734 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  52.88 
 
 		 130 aa  119  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000111817  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4327  glycine cleavage system H protein  47.15 
 
 		 124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124977  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1183  glycine cleavage system protein H  49.58 
 
 		 120 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.157974  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1937  glycine cleavage system H protein  48.28 
 
 		 124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1740  glycine cleavage system H protein  48.28 
 
 		 124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.403182  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  46.72 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  47.41 
 
 		 130 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2092  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.206967  normal  0.370959 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  46.72 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2284  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 127 aa  118  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.31012  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  46.72 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  47.54 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3674  glycine cleavage system protein H  47.54 
 
 		 129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>