More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3674 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3674  glycine cleavage system protein H  100 
 
 		 129 aa  257  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3968  glycine cleavage system protein H  96.9 
 
 		 129 aa  254  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0721397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  90.7 
 
 		 129 aa  243  8e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  87.6 
 
 		 129 aa  239  7.999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  87.6 
 
 		 129 aa  239  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  87.6 
 
 		 129 aa  239  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  87.6 
 
 		 129 aa  239  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  87.6 
 
 		 129 aa  239  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  87.6 
 
 		 129 aa  239  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0618  glycine cleavage system protein H  87.6 
 
 		 129 aa  239  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.475927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  86.82 
 
 		 129 aa  237  2.9999999999999997e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3618  glycine cleavage system protein H  86.82 
 
 		 129 aa  237  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3800  glycine cleavage system protein H  86.82 
 
 		 129 aa  237  4e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3676  glycine cleavage system protein H  86.82 
 
 		 129 aa  237  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.134478  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  86.05 
 
 		 129 aa  234  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0834  glycine cleavage system protein H  80.47 
 
 		 129 aa  222  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  69.77 
 
 		 129 aa  199  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1275  glycine cleavage system H protein  73.64 
 
 		 129 aa  196  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421201  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3591  glycine cleavage system protein H  69.77 
 
 		 129 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 129 aa  194  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  67.44 
 
 		 129 aa  193  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00862  glycine cleavage system protein H  69.77 
 
 		 129 aa  192  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3915  glycine cleavage system H protein  68.75 
 
 		 128 aa  187  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3436  glycine cleavage system protein H  68.25 
 
 		 135 aa  186  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0839  glycine cleavage system protein H  68.22 
 
 		 130 aa  185  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0623  glycine cleavage system protein H  66.67 
 
 		 130 aa  183  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  63.57 
 
 		 130 aa  183  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0864  glycine cleavage system protein H  66.41 
 
 		 128 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.786548  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0868  glycine cleavage system protein H  66.41 
 
 		 128 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3831  glycine cleavage system protein H  66.41 
 
 		 128 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.396771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  67.44 
 
 		 129 aa  179  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3310  glycine cleavage system protein H  64 
 
 		 136 aa  179  9.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  64.23 
 
 		 126 aa  177  4.999999999999999e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  64.23 
 
 		 126 aa  177  4.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  60.47 
 
 		 130 aa  169  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0332  glycine cleavage system protein H  70.09 
 
 		 129 aa  166  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0177  glycine cleavage system protein H  61.42 
 
 		 129 aa  166  7e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  64.06 
 
 		 127 aa  166  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1723  glycine cleavage system protein H  62.9 
 
 		 126 aa  166  8e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000363297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5959  glycine cleavage system protein H  67.8 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  63.28 
 
 		 127 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  57.36 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  59.84 
 
 		 130 aa  163  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000111817  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0907  glycine cleavage H-protein  55.04 
 
 		 130 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  61.72 
 
 		 127 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  65.25 
 
 		 129 aa  162  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  61.72 
 
 		 127 aa  161  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0051  glycine cleavage system H protein  59.38 
 
 		 127 aa  160  5.0000000000000005e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5427  glycine cleavage system protein H  60.16 
 
 		 127 aa  157  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.801429  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0213  glycine cleavage system protein H  54.33 
 
 		 129 aa  157  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0290  glycine cleavage system protein H  54.26 
 
 		 130 aa  157  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.148153  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1903  glycine cleavage system protein H  54.26 
 
 		 130 aa  157  5e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0144  glycine cleavage system protein H  59.84 
 
 		 126 aa  157  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.87599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0247  glycine cleavage system protein H  58.14 
 
 		 128 aa  157  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0158  glycine cleavage system protein H  58.27 
 
 		 126 aa  155  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0132  glycine cleavage system H protein  59.06 
 
 		 153 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2910  glycine cleavage system protein H  57.48 
 
 		 126 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0145  glycine cleavage system protein H  57.48 
 
 		 126 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2577  glycine cleavage system protein H  54.26 
 
 		 130 aa  154  6e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0304435  normal  0.0181641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0317  glycine cleavage system H protein  58.14 
 
 		 128 aa  152  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0142  glycine cleavage system protein H  55.91 
 
 		 126 aa  152  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207968  normal  0.345489 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3845  glycine cleavage system H protein  54.69 
 
 		 128 aa  151  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3330  glycine cleavage system protein H  54.84 
 
 		 126 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3254  glycine cleavage system H protein  56.35 
 
 		 126 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1543  glycine cleavage system H protein  56.35 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532725  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2994  glycine cleavage system H protein  56.35 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3060  glycine cleavage system H protein  56.35 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3310  glycine cleavage system H protein  56.35 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0128  glycine cleavage system H protein  56.35 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3927  glycine cleavage system H protein  56.35 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0419405  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3481  glycine cleavage system protein H  54.84 
 
 		 126 aa  150  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3294  glycine cleavage system protein H  57.26 
 
 		 127 aa  149  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3998  glycine cleavage system H protein  55.56 
 
 		 126 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3206  glycine cleavage system protein H  57.94 
 
 		 128 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000136098  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1812  glycine cleavage system protein H  53.49 
 
 		 131 aa  148  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05972  glycine cleavage system protein H  58.2 
 
 		 126 aa  147  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3097  glycine cleavage system H protein  53.23 
 
 		 127 aa  148  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.215874  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2284  glycine cleavage system protein H  54.76 
 
 		 127 aa  148  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.31012  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3072  glycine cleavage system protein H  53.49 
 
 		 131 aa  147  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.132267 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01656  glycine cleavage system protein H  52.71 
 
 		 131 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.671039  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  54.84 
 
 		 126 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3127  glycine cleavage system H protein  52.42 
 
 		 126 aa  144  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0811  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.061834  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000233  glycine cleavage system H protein  56.56 
 
 		 126 aa  144  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2714  glycine cleavage system H protein  52.8 
 
 		 128 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0651249  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3004  glycine cleavage system protein H  54.76 
 
 		 126 aa  142  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.655553 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0131  glycine cleavage system protein H  56.1 
 
 		 125 aa  142  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0116  glycine cleavage system protein H  56.1 
 
 		 125 aa  142  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>