More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2387 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2387  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  100 
 
 
395 aa  809    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.665407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3537  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  96.19 
 
 
395 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2237  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  95.7 
 
 
421 aa  785    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1946  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  92.91 
 
 
395 aa  759    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0857423  hitchhiker  0.00135918 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14390  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  81.22 
 
 
394 aa  649    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03050  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  74.87 
 
 
394 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00335247  hitchhiker  0.0000264439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0332  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  74.62 
 
 
394 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  71.57 
 
 
397 aa  592  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0347  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  72.7 
 
 
395 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1907  p-hydroxybenzoate hydroxylase  70.81 
 
 
394 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0133295  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3500  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  70.3 
 
 
394 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0707  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.5 
 
 
400 aa  556  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.531901  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4358  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.47 
 
 
391 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119328  normal  0.266581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0441  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.04 
 
 
399 aa  522  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1901  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.5 
 
 
394 aa  519  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.213246 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1983  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.43 
 
 
390 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.36 
 
 
393 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123624  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3893  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.84 
 
 
404 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2684  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.66 
 
 
390 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.256405 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3583  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.68 
 
 
389 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.114816  normal  0.502455 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1884  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.68 
 
 
390 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316632  normal  0.150769 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3723  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.64 
 
 
389 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5020  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.17 
 
 
389 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0603  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.4 
 
 
389 aa  508  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.862767  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0641  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.4 
 
 
389 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0339  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.76 
 
 
401 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.972507  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3474  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.13 
 
 
390 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3182  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.64 
 
 
390 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4202  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.31 
 
 
390 aa  493  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6123  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.15 
 
 
390 aa  490  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4018  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.47 
 
 
398 aa  488  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2710  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.08 
 
 
390 aa  484  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2992  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.13 
 
 
389 aa  484  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.287088  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4161  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.31 
 
 
389 aa  476  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.314904 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2436  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.74 
 
 
389 aa  468  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.873151  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3846  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  57.54 
 
 
391 aa  464  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.536675  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.35 
 
 
389 aa  461  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3479  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.27 
 
 
389 aa  455  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0561  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.78 
 
 
389 aa  456  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.061935  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.1 
 
 
390 aa  455  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526509  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4006  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.52 
 
 
395 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187739  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6220  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  57.54 
 
 
390 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.315018  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.57 
 
 
389 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.329756  normal  0.378344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2447  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.96 
 
 
408 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2054  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.24 
 
 
408 aa  434  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.541897  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7086  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.52 
 
 
391 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.335822  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3157  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.42 
 
 
410 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65281  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5016  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.42 
 
 
410 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2242  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.2 
 
 
410 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.123171  normal  0.990614 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2458  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.68 
 
 
400 aa  412  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00152384  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5289  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.79 
 
 
410 aa  413  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4456  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.54 
 
 
392 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459357 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.9 
 
 
407 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3130  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.39 
 
 
410 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5114  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.39 
 
 
410 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.223132  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5745  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.39 
 
 
410 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758891  normal  0.0555876 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7610  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.93 
 
 
392 aa  402  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.64 
 
 
410 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0066  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.02 
 
 
413 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.469601  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0053  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.02 
 
 
413 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267189  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1551  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.02 
 
 
407 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1199  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.77 
 
 
413 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1482  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.77 
 
 
413 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.77 
 
 
407 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0055  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.77 
 
 
413 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1625  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.51 
 
 
395 aa  394  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1564  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.16 
 
 
391 aa  386  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0892208  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2831  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.62 
 
 
391 aa  382  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.543631  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4886  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.87 
 
 
407 aa  384  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.879694  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1534  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.65 
 
 
405 aa  379  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.792413  normal  0.0830995 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4014  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.23 
 
 
390 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2040  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.1 
 
 
394 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2506  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.68 
 
 
392 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2230  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.1 
 
 
392 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.633224  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.84 
 
 
392 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2184  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.64 
 
 
389 aa  369  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1850  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.51 
 
 
396 aa  363  2e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26690  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  47.45 
 
 
391 aa  355  5.999999999999999e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140669  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4043  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  41.54 
 
 
396 aa  309  5e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3838  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  41.54 
 
 
395 aa  307  2.0000000000000002e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2682  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.27 
 
 
402 aa  306  6e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0923834 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3851  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  40.66 
 
 
397 aa  299  7e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000154299  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5420  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  42.23 
 
 
400 aa  294  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.84 
 
 
318 aa  281  1e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.60479  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3796  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  36.54 
 
 
396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336813  normal  0.0760844 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2384  hypothetical protein  46.88 
 
 
178 aa  89.7  8e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3281  pentachlorophenol-4-monooxygenase  25.72 
 
 
414 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2135  monooxygenase FAD-binding  24.78 
 
 
540 aa  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.218617  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0090  hypothetical protein  27.4 
 
 
497 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2748  monooxygenase FAD-binding protein  27.54 
 
 
489 aa  64.3  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5384  monooxygenase FAD-binding  24.48 
 
 
506 aa  63.5  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.297257  normal  0.119449 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10582  FAD binding monooxygenase, putative (JCVI)  23.86 
 
 
566 aa  63.2  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.832072  normal  0.150999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1484  hypothetical protein  25.84 
 
 
499 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115631  normal  0.323666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2227  monooxygenase FAD-binding  25.98 
 
 
552 aa  61.6  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.465072  normal  0.101013 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1649  hypothetical protein  27.2 
 
 
497 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.256973  normal  0.216495 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0550  monooxygenase, FAD-binding  24.04 
 
 
548 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3440  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  22.12 
 
 
605 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.845304  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1029  monooxygenase, FAD-binding  24.04 
 
 
548 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594814  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2386  monooxygenase FAD-binding protein  26.52 
 
 
412 aa  60.1  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.611075  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1172  monooxygenase, FAD-binding  26.09 
 
 
535 aa  59.7  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.570475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>