296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0066 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  87.93 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00474021  normal  0.100605 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0047  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.548242 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0001  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.330337 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0001  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309165  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.565194  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.940611  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.194122  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.216172  normal  0.054895 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742423 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00564577 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309189  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309285  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309147  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>