More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3534 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 292 aa  590  1e-168  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  47.22 
 
 		 288 aa  254  8e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  167  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.97 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.97 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.26 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.9 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.23 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.53 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.51 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.51 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.51 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.29 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.29 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.29 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.29 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.29 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.14 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.04 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.4 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  35 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.93 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  37.06 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.91 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 316 aa  151  8.999999999999999e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.91 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 319 aa  149  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  34.04 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.94 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  34.98 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0969  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256112 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.39 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  36.33 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0653  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.69 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  31.53 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.78 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 320 aa  145  5e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 315 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>