More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2406 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2406  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  100 
 
 
394 aa  793    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.502778  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.92 
 
 
386 aa  442  1e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.24 
 
 
399 aa  444  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.49 
 
 
389 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.41 
 
 
386 aa  435  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  55.19 
 
 
399 aa  436  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.28 
 
 
392 aa  436  1e-121  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.2 
 
 
410 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.46 
 
 
398 aa  434  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.46 
 
 
398 aa  434  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3396  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.96 
 
 
397 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.12 
 
 
398 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.31 
 
 
400 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.94 
 
 
397 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.19 
 
 
397 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.19 
 
 
397 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.94 
 
 
397 aa  428  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.71 
 
 
386 aa  427  1e-118  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.47 
 
 
399 aa  426  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.36 
 
 
403 aa  427  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.68 
 
 
397 aa  426  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.85 
 
 
407 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.95 
 
 
398 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  55.47 
 
 
388 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.2 
 
 
386 aa  422  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.33 
 
 
393 aa  424  1e-117  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.45 
 
 
386 aa  424  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.2 
 
 
386 aa  422  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.2 
 
 
386 aa  422  1e-117  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.73 
 
 
386 aa  423  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.73 
 
 
386 aa  422  1e-117  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.1 
 
 
391 aa  423  1e-117  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.49 
 
 
384 aa  423  1e-117  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.45 
 
 
386 aa  424  1e-117  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.2 
 
 
398 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.349199  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.2 
 
 
386 aa  422  1e-117  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.68 
 
 
398 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.08 
 
 
390 aa  418  1e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.48 
 
 
386 aa  420  1e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.92 
 
 
397 aa  418  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.43 
 
 
399 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.02 
 
 
392 aa  420  1e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0023  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.18 
 
 
398 aa  418  1e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0176  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.64 
 
 
426 aa  419  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.1 
 
 
392 aa  420  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.18 
 
 
397 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.68 
 
 
398 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.02 
 
 
390 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.62 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.34 
 
 
390 aa  418  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.58 
 
 
389 aa  413  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.58 
 
 
392 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.36 
 
 
388 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  54.31 
 
 
387 aa  411  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.19 
 
 
397 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.84 
 
 
392 aa  413  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.36 
 
 
388 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.58 
 
 
389 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.77 
 
 
391 aa  414  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.42 
 
 
410 aa  408  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0420  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.19 
 
 
399 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  54.82 
 
 
386 aa  410  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0981  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.52 
 
 
405 aa  408  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23259  normal  0.387246 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.33 
 
 
388 aa  406  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.73 
 
 
386 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4127  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.19 
 
 
398 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.96 
 
 
399 aa  405  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.73 
 
 
386 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.82 
 
 
387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.82 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.82 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3973  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.2 
 
 
397 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.18 
 
 
398 aa  401  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2240  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.72 
 
 
403 aa  404  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.3 
 
 
404 aa  402  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1644  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.43 
 
 
398 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.47315 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2184  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.39 
 
 
387 aa  398  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1926  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.43 
 
 
398 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15774  normal  0.826279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1124  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.42 
 
 
398 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.101156  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.79 
 
 
389 aa  400  9.999999999999999e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.15 
 
 
398 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.2 
 
 
388 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.2 
 
 
388 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.22 
 
 
386 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.42 
 
 
398 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2736  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.76 
 
 
407 aa  395  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.217876  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.28 
 
 
388 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.71 
 
 
397 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.16 
 
 
398 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.984943  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6602  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.78 
 
 
404 aa  391  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.459715 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1713  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.86 
 
 
393 aa  391  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000861995  hitchhiker  0.0000000000000037897 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.6 
 
 
387 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0536  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.91 
 
 
399 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2819  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  54.94 
 
 
399 aa  390  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.867832  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.71 
 
 
386 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
383 aa  388  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0979  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.51 
 
 
387 aa  385  1e-106  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.89 
 
 
391 aa  387  1e-106  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.93 
 
 
386 aa  386  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.65 
 
 
391 aa  385  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>