More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0473 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0473  ribosomal protein S12  100 
 
 		 123 aa  246  9e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0264354  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0389  30S ribosomal protein S12  74.8 
 
 		 124 aa  196  1.0000000000000001e-49  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  75.61 
 
 		 123 aa  193  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0948  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 124 aa  193  7e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000100992  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0862  30S ribosomal protein S12  76.42 
 
 		 133 aa  191  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000541183  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4339  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 		 137 aa  190  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.681919  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1047  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 124 aa  191  4e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000671738  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  190  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0260  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 135 aa  190  5e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000200867  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 124 aa  190  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000396371  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0595  30S ribosomal protein S12  74.8 
 
 		 137 aa  190  6e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1903  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 123 aa  190  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.120307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1143  30S ribosomal protein S12  76.23 
 
 		 134 aa  190  7e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000369356  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 125 aa  189  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 125 aa  189  8e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 128 aa  189  8e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 125 aa  189  8e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2160  30S ribosomal protein S12  72.73 
 
 		 122 aa  189  8e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.174142  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00057  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 124 aa  189  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 125 aa  189  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002297  SSU ribosomal protein S12p (S23e)  73.17 
 
 		 124 aa  189  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000970736  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1674  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  189  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.230597  hitchhiker  0.0029615 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 125 aa  189  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0296  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 		 135 aa  189  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  189  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  189  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  189  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_002620  TC0723  30S ribosomal protein S12  74.8 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0867606  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1942  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 134 aa  189  2e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0389  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 126 aa  188  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0364  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 126 aa  188  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2213  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2157  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.949049 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 129 aa  188  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0358  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0968074  normal  0.576972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1349  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.443211  hitchhiker  0.00943336 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0622  ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 124 aa  188  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2118  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2435  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.141919 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05695  putative 30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 124 aa  188  2e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4449  ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 142 aa  187  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 125 aa  188  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2771  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 124 aa  187  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000785263  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1081  ribosomal protein S12  75.61 
 
 		 123 aa  188  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.453767 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 123 aa  188  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 135 aa  188  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0308  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 127 aa  187  4e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.00000000773303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 202 aa  187  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1290  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 127 aa  187  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0116832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0795  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 		 124 aa  187  4e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.182051  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1221  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 124 aa  187  4e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000786754  hitchhiker  0.00402882 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 125 aa  187  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0187  ribosomal protein S12  76.42 
 
 		 123 aa  187  4e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  187  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0208  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 124 aa  187  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000137299  unclonable  0.00000763444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 125 aa  187  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1951  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  187  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00000165732  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 125 aa  186  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 125 aa  186  5.999999999999999e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  186  5.999999999999999e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0704  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  186  5.999999999999999e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000738801  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 128 aa  186  7e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2719  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 126 aa  186  7e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2405  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 126 aa  186  7e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000879391  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2377  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 124 aa  186  8e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00376879  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 124 aa  186  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3166  30S ribosomal protein S12  72.73 
 
 		 137 aa  186  8e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.935823 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  186  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2664  ribosomal protein S12  75.21 
 
 		 122 aa  186  8e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  186  9e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 123 aa  186  9e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0310  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 124 aa  186  9e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00417807  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3469  ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 124 aa  186  9e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329977  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29810  SSU ribosomal protein S12P  73.17 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0582  ribosomal protein S12  73.98 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.114557  normal  0.106054 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1359  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  186  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.604164 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 126 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  70.73 
 
 		 136 aa  185  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 137 aa  186  1e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 126 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 126 aa  186  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2290  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  73.17 
 
 		 136 aa  186  1e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3453  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3189  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  185  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1540  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  186  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1539  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 125 aa  186  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1564  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 125 aa  186  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0581883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0052  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  186  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 126 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3672  30S ribosomal protein S12  72.36 
 
 		 123 aa  185  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4512  ribosomal protein S12  74.8 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0271  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 123 aa  185  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  70.73 
 
 		 123 aa  185  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2823  30S ribosomal protein S12  71.54 
 
 		 123 aa  185  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0494947 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3718  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 124 aa  185  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  0.0746879 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0371  30S ribosomal protein S12  69.92 
 
 		 124 aa  185  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000085622  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>