More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0285 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0285  threonine dehydratase  100 
 
 		 318 aa  620  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.832074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5519  threonine dehydratase  64.98 
 
 		 333 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0114285 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3695  threonine dehydratase  65.09 
 
 		 334 aa  346  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3469  threonine dehydratase  61.51 
 
 		 324 aa  338  7e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5240  threonine dehydratase  62.46 
 
 		 333 aa  335  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.303967 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3864  threonine dehydratase  56.04 
 
 		 330 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3175  threonine dehydratase  65.73 
 
 		 318 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.465407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  55.76 
 
 		 323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0056  threonine dehydratase  55.62 
 
 		 344 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.595  hitchhiker  0.00751641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4430  threonine dehydratase  54.55 
 
 		 330 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  57.48 
 
 		 323 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  57.48 
 
 		 323 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5774  threonine dehydratase  55 
 
 		 323 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6018  threonine dehydratase  54.37 
 
 		 323 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6650  threonine dehydratase  57.48 
 
 		 323 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.987033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4376  ectoine utilization protein EutB  58.62 
 
 		 325 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2151  threonine dehydratase  54.72 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.232832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2723  threonine dehydratase  54.78 
 
 		 331 aa  247  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000638  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme beta subunit  47.35 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.58 
 
 		 315 aa  205  7e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3319  threonine dehydratase  43.65 
 
 		 410 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.813213  normal  0.377065 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.3 
 
 		 403 aa  199  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  41.61 
 
 		 403 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  41.58 
 
 		 402 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  43.46 
 
 		 402 aa  190  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0057  threonine dehydratase  42.11 
 
 		 410 aa  189  5e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.835911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  40.38 
 
 		 403 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  40.82 
 
 		 402 aa  187  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.38 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  40.97 
 
 		 415 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  40.38 
 
 		 403 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  43.28 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  36.13 
 
 		 402 aa  185  7e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.2 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.88 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  35.37 
 
 		 402 aa  183  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  43.04 
 
 		 404 aa  183  3e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  41.9 
 
 		 406 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  42.81 
 
 		 406 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.56 
 
 		 311 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.56 
 
 		 311 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  38.8 
 
 		 403 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  40.81 
 
 		 410 aa  181  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  36.48 
 
 		 402 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  41.27 
 
 		 404 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  42.99 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  35.78 
 
 		 403 aa  177  3e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  38.36 
 
 		 405 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  38.2 
 
 		 411 aa  176  5e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  38.19 
 
 		 320 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  38.19 
 
 		 320 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  38.19 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  42.58 
 
 		 358 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  36.71 
 
 		 402 aa  174  9.999999999999999e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.74 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1237  threonine dehydratase  41.12 
 
 		 412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221207 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  40.19 
 
 		 412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  38.49 
 
 		 401 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  38.49 
 
 		 401 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  39.94 
 
 		 412 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  38.26 
 
 		 403 aa  173  3.9999999999999995e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0922  threonine dehydratase  43.17 
 
 		 403 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411143  normal  0.511297 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.18 
 
 		 353 aa  172  5e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  32.7 
 
 		 404 aa  172  6.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  33.97 
 
 		 402 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4230  threonine dehydratase  42.59 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0941557  normal  0.0780597 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  36.6 
 
 		 418 aa  171  2e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1763  threonine dehydratase, biosynthetic  40.66 
 
 		 512 aa  170  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  40.55 
 
 		 321 aa  169  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  40.52 
 
 		 329 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  37.73 
 
 		 403 aa  169  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  37.11 
 
 		 402 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0961  threonine dehydratase  41.12 
 
 		 404 aa  168  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  36.25 
 
 		 401 aa  167  1e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  37.29 
 
 		 501 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  39.35 
 
 		 403 aa  167  2e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  42.57 
 
 		 402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  35.26 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  35.26 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  41.61 
 
 		 402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  40.95 
 
 		 402 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0952  threonine dehydratase  39.5 
 
 		 415 aa  166  5e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000323756  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  38.06 
 
 		 324 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.42 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3689  threonine dehydratase  42 
 
 		 402 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.353069  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4909  threonine dehydratase  39.24 
 
 		 527 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  33.64 
 
 		 408 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3564  threonine dehydratase  39.03 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.24 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  38.06 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  38.06 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  39.86 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02984  threonine dehydratase  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0586  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3591  threonine dehydratase  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4430  threonine dehydratase  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.119659 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3240  threonine dehydratase  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0581  threonine dehydratase  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3413  threonine dehydratase  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3305  threonine dehydratase  36.77 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0825845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>