More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1999 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 115 aa  231  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  44.34 
 
 		 134 aa  94  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  43.4 
 
 		 134 aa  92  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  44.76 
 
 		 128 aa  90.9  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  42.11 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  42.86 
 
 		 129 aa  86.3  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  44.09 
 
 		 117 aa  84.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  41.76 
 
 		 122 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  44.76 
 
 		 147 aa  81.3  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  31.53 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  37.25 
 
 		 106 aa  79  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  39.36 
 
 		 98 aa  78.6  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0574  ribosomal protein S6  34.31 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189135  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  35.24 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  32.67 
 
 		 129 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  33.96 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  29.73 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0595  30S ribosomal protein S6  37.17 
 
 		 117 aa  74.7  0.0000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  32.14 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0923  ribosomal protein S6  31.73 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.46862  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  36.78 
 
 		 95 aa  74.7  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2030  30S ribosomal protein S6  37.25 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  35.63 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  35.24 
 
 		 131 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  29.73 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 102 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  35.24 
 
 		 130 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  36.27 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3284  30S ribosomal protein S6  33.02 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0114214  hitchhiker  0.000227969 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  36.27 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  36.27 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  32.08 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  72  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  72  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  72  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  44.19 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  30.36 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  72  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4787  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4504  ribosomal protein S6  36.56 
 
 		 210 aa  72  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  36.73 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  43.16 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  32.76 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  33.96 
 
 		 131 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  40.2 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  32.29 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  27.93 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  32.38 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2105  30S ribosomal protein S6  31.87 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  32.38 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1640  30S ribosomal protein S6  33.65 
 
 		 134 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0507943  normal  0.0355259 
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 156 aa  69.7  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  31.37 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  32.29 
 
 		 125 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  39.08 
 
 		 95 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  39.08 
 
 		 95 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>