More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2988 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2988  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  100 
 
 
338 aa  677    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.0864617 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2704  alcohol dehydrogenase  97.63 
 
 
337 aa  664    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4730  alcohol dehydrogenase  77.68 
 
 
348 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5268  alcohol dehydrogenase  78.01 
 
 
333 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3647  alcohol dehydrogenase  77.71 
 
 
333 aa  523  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3182  alcohol dehydrogenase  71.22 
 
 
339 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2062  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  72.67 
 
 
334 aa  498  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1862  oxidoreductase, zinc-binding protein  71.99 
 
 
333 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2281  alcohol dehydrogenase  69.14 
 
 
339 aa  485  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.166638 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3540  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  71.39 
 
 
333 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.971542  normal  0.0699705 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0304  zinc-binding alcohol dehydrogenase  55.25 
 
 
333 aa  350  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337818  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3101  alcohol dehydrogenase  50 
 
 
333 aa  342  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3273  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  50 
 
 
332 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3522  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  50 
 
 
332 aa  338  5e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3306  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  50 
 
 
332 aa  338  7e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3566  alcohol dehydrogenase  50 
 
 
332 aa  338  7e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1741  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  50.3 
 
 
332 aa  338  8e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.18148 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3528  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  49.7 
 
 
332 aa  338  9e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3507  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  49.4 
 
 
332 aa  335  5e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3221  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  49.7 
 
 
332 aa  335  9e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3521  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  48.8 
 
 
332 aa  333  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.271147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1291  alcohol dehydrogenase  53.61 
 
 
333 aa  332  7.000000000000001e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2008  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  51.51 
 
 
333 aa  330  3e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.482535  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0102  zinc-binding alcohol dehydrogenase  53.31 
 
 
333 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.703358  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4584  zinc-binding alcohol dehydrogenase  51.81 
 
 
333 aa  327  2.0000000000000001e-88  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.978307 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6082  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  53.01 
 
 
333 aa  326  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6616  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  51.52 
 
 
333 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809993  normal  0.12586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2476  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50 
 
 
332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.561788  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2051  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  50.3 
 
 
333 aa  318  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.411515  hitchhiker  0.000175351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3681  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  48.19 
 
 
333 aa  317  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0442744  normal  0.179627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6444  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  49.7 
 
 
333 aa  317  2e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2019  alcohol dehydrogenase  50.31 
 
 
333 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0999  alcohol dehydrogenase  48.19 
 
 
331 aa  315  6e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0148463  hitchhiker  0.00000104797 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0714  alcohol dehydrogenase  49.55 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0112  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  50.91 
 
 
334 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.985575  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4384  alcohol dehydrogenase  51.2 
 
 
333 aa  308  8e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1036  alcohol dehydrogenase  42.47 
 
 
333 aa  265  5.999999999999999e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.255721  normal  0.276048 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1166  alcohol dehydrogenase  42.77 
 
 
333 aa  263  4e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37060  Zn-dependent oxidoreductase, NADPH:quinone reductase  46.39 
 
 
331 aa  258  8e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3490  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  56.19 
 
 
287 aa  252  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0444759  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3184  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  39.34 
 
 
317 aa  247  2e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3435  alcohol dehydrogenase  39.34 
 
 
317 aa  247  2e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3085  bifunctional protein: zinc-containing alcohol dehydrogenase; quinone oxidoreductase ( NADPH:quinone reductase)  39.94 
 
 
317 aa  246  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3416  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  39.64 
 
 
317 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.740115  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2543  alcohol dehydrogenase  37.72 
 
 
308 aa  237  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00549026  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2967  alcohol dehydrogenase  37.61 
 
 
313 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2686  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.83 
 
 
333 aa  218  7.999999999999999e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3894  alcohol dehydrogenase  38.1 
 
 
312 aa  216  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00052515  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2770  oxidoreductase, zinc-binding  36.83 
 
 
308 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000066091  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18400  Zn-dependent oxidoreductase, NADPH:quinone reductase  36.64 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.18114  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0108  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  37.94 
 
 
639 aa  210  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1683  NADPH:quinone reductase  34.34 
 
 
308 aa  208  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.169179 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3137  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  32.53 
 
 
310 aa  206  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7371  zinc-binding oxidoreductase  36.34 
 
 
304 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0615  putative oxidoreductase  36.14 
 
 
305 aa  206  7e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1504  alcohol dehydrogenase  39.47 
 
 
333 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.139822  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4444  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  35.54 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0122  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  36.64 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810338  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0832  putative oxidoreductase  34.94 
 
 
323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0506  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.84 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2910  zinc-binding alcohol dehydrogenase  33.94 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2242  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.83 
 
 
314 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0948  NADPH:quinone reductase related Zn-dependent oxidoreductase  36.09 
 
 
312 aa  196  4.0000000000000005e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.102607  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2863  alcohol dehydrogenase  37.61 
 
 
325 aa  195  7e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.193415 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0607  alcohol dehydrogenase  37.54 
 
 
328 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3883  alcohol dehydrogenase  36.42 
 
 
326 aa  195  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.014306  normal  0.116687 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0637  alcohol dehydrogenase  37.75 
 
 
327 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.472803 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5242  alcohol dehydrogenase  35.95 
 
 
321 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155449  normal  0.0558445 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1359  alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  36.75 
 
 
313 aa  192  7e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0929144  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1274  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  32.73 
 
 
307 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3358  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  35.95 
 
 
308 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4572  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.44 
 
 
310 aa  189  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.581889 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0663  alcohol dehydrogenase  37.98 
 
 
327 aa  189  8e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.951167  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1526  Alcohol dehydrogenase GroES domain-containing protein  37.16 
 
 
313 aa  188  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.97459 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05420  Quinone oxidoreductase, putative  35.09 
 
 
358 aa  188  1e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3507  alcohol dehydrogenase  36 
 
 
322 aa  188  1e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5178  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  36.72 
 
 
326 aa  187  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2461  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  36.58 
 
 
319 aa  186  6e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2124  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  37.32 
 
 
328 aa  186  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.386337  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1093  alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  36.36 
 
 
337 aa  186  7e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0697  alcohol dehydrogenase  34.01 
 
 
329 aa  185  9e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00374337  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1925  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.91 
 
 
317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000755536  normal  0.120319 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2472  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  35.99 
 
 
314 aa  184  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1997  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  36.29 
 
 
341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.204017  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0991  oxidoreductase, zinc-binding  35.19 
 
 
325 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2177  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  76.32 
 
 
115 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.188492  hitchhiker  0.00509909 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3545  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  35.65 
 
 
339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.306573  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4198  alcohol dehydrogenase  34.21 
 
 
323 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00226105  normal  0.135586 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0417  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  36.42 
 
 
323 aa  179  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1237  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.52 
 
 
308 aa  179  4.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.309237  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1047  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.78 
 
 
336 aa  179  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.125126  normal  0.659937 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3728  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  37.78 
 
 
334 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3737  alcohol dehydrogenase  34.94 
 
 
307 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.1023  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0019  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  36.34 
 
 
322 aa  176  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0078  putative Zinc-binding dehydrogenase  36.53 
 
 
317 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.212844  decreased coverage  0.000689131 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0886  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  33.63 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.436987 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4859  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.23 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000939315  normal  0.120319 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2379  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.36 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.849199  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3780  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  37.5 
 
 
334 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.107753  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2000  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  36.18 
 
 
327 aa  173  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>