22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0678 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0906  hypothetical protein  94.83 
 
 		 600 aa  1118    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0678  hypothetical protein  100 
 
 		 595 aa  1207    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2053  hypothetical protein  70.62 
 
 		 605 aa  805    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.13895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0297  outer membrane efflux protein  54.04 
 
 		 537 aa  535  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0161  Outer membrane efflux protein  39.39 
 
 		 504 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0469  outer membrane efflux protein  37.68 
 
 		 502 aa  348  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0564  outer membrane efflux protein  37.27 
 
 		 502 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0483  outer membrane efflux protein  38.29 
 
 		 502 aa  342  8e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.219911  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0676  outer membrane efflux protein  37.99 
 
 		 516 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773648  hitchhiker  0.0000779831 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0393  outer membrane efflux protein  37.27 
 
 		 502 aa  334  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0420  outer membrane efflux protein  39.36 
 
 		 552 aa  333  6e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3184  outer membrane efflux protein  34.97 
 
 		 515 aa  290  5.0000000000000004e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.911982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3076  outer membrane efflux protein  35.55 
 
 		 502 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5408  putative efflux outer membrane protein  35.27 
 
 		 506 aa  272  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0368  Outer membrane protein-like  36.08 
 
 		 609 aa  264  3e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3737  outer membrane efflux protein  36.05 
 
 		 496 aa  263  6e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1670  outer membrane efflux protein  31.49 
 
 		 526 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000434789  normal  0.249137 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1150  outer membrane efflux protein  32.39 
 
 		 746 aa  235  1.0000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0802  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.68 
 
 		 476 aa  48.1  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102308  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.2 
 
 		 483 aa  47.4  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00132321  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0834  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.45 
 
 		 483 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.933668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0662  outer membrane efflux protein  25.42 
 
 		 483 aa  44.7  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>