More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1038 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
421 aa  852    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  59.69 
 
 
386 aa  462  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4083  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.57 
 
 
398 aa  456  1e-127  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.437874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.08 
 
 
396 aa  455  1e-127  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1620  Formyl-CoA transferase  55.1 
 
 
404 aa  420  1e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000596861  decreased coverage  0.0000000165542 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  51.82 
 
 
420 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  51.82 
 
 
416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  53.49 
 
 
412 aa  396  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1100  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.06 
 
 
419 aa  342  5e-93  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  46.07 
 
 
395 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  42.03 
 
 
404 aa  312  5.999999999999999e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4131  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.12 
 
 
413 aa  310  4e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1719  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.68 
 
 
425 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.473881  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1271  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  41.97 
 
 
425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2913  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3038  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2233  CAIB/BAIF family protein  41.45 
 
 
425 aa  301  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  40.1 
 
 
402 aa  298  1e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  41.12 
 
 
398 aa  297  2e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  39.1 
 
 
402 aa  293  5e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.22 
 
 
402 aa  289  7e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  36.8 
 
 
399 aa  289  8e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6214  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
418 aa  282  7.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  38.19 
 
 
404 aa  281  1e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2499  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
415 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.262086  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.86 
 
 
406 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.542825  normal  0.0368115 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
398 aa  275  8e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1288  hypothetical protein  38.83 
 
 
409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
399 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.12 
 
 
433 aa  274  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  36.55 
 
 
411 aa  271  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.94 
 
 
399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
405 aa  269  5.9999999999999995e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.73 
 
 
408 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  39.45 
 
 
402 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
397 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  38.13 
 
 
399 aa  264  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  37.82 
 
 
396 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.04 
 
 
405 aa  263  3e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  38.42 
 
 
418 aa  264  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.78 
 
 
397 aa  263  6e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  38.48 
 
 
400 aa  262  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.68 
 
 
397 aa  262  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  34.44 
 
 
397 aa  261  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.1 
 
 
459 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375173  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.57 
 
 
421 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.87 
 
 
396 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.61 
 
 
396 aa  259  7e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.61 
 
 
396 aa  259  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.87 
 
 
396 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.15 
 
 
413 aa  259  8e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1163  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
402 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.82 
 
 
396 aa  258  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.86 
 
 
408 aa  257  2e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  38.54 
 
 
400 aa  258  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  36.71 
 
 
413 aa  258  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  39.52 
 
 
400 aa  257  3e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  34.31 
 
 
409 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.54 
 
 
400 aa  256  5e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
397 aa  255  8e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.8 
 
 
396 aa  255  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  34.81 
 
 
399 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.83 
 
 
406 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  35.75 
 
 
452 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.61 
 
 
418 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.07 
 
 
396 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.64 
 
 
406 aa  252  7e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.8 
 
 
396 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
401 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
397 aa  252  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  36.36 
 
 
401 aa  252  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
401 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  35.26 
 
 
410 aa  251  1e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.9 
 
 
406 aa  251  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
406 aa  251  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
401 aa  250  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  36.13 
 
 
405 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  36.91 
 
 
399 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.91 
 
 
399 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  37.16 
 
 
399 aa  249  5e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.6 
 
 
399 aa  249  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.57 
 
 
401 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.26 
 
 
405 aa  249  7e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.35 
 
 
401 aa  249  7e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.35 
 
 
401 aa  249  7e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.16 
 
 
401 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.57 
 
 
401 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.57 
 
 
401 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.17 
 
 
396 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  34.66 
 
 
412 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  36.41 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  36.41 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  36.41 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  36.41 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  36.41 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  36.41 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.85 
 
 
399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  36.41 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.87 
 
 
417 aa  244  3e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00403756  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.6 
 
 
399 aa  244  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>