271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_R0004 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0007  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  94.74 
 
 		 126 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0026  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000000712114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  84 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  83.13 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0024  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0054  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0731881 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0049  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0049  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.710241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>