More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02197 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  100 
 
 		 540 aa  1109    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  47.65 
 
 		 538 aa  528  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  29.27 
 
 		 513 aa  244  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  28.63 
 
 		 561 aa  237  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  24.86 
 
 		 560 aa  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  24.68 
 
 		 546 aa  156  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  25.1 
 
 		 546 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  30.39 
 
 		 403 aa  144  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  23.49 
 
 		 551 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  21.93 
 
 		 549 aa  128  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  25.46 
 
 		 534 aa  123  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  26.12 
 
 		 540 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  29.39 
 
 		 555 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  25.55 
 
 		 533 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  22.45 
 
 		 547 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  25.46 
 
 		 533 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  22.89 
 
 		 572 aa  115  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  23.27 
 
 		 537 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 421 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  30.39 
 
 		 553 aa  108  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 549 aa  107  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  24.73 
 
 		 535 aa  104  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  24.73 
 
 		 535 aa  104  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  25 
 
 		 535 aa  103  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  24.55 
 
 		 535 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  24.25 
 
 		 416 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  26.03 
 
 		 449 aa  101  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  26.39 
 
 		 561 aa  99.8  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  25.6 
 
 		 577 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  26.83 
 
 		 587 aa  98.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  22.38 
 
 		 535 aa  89  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  19.8 
 
 		 539 aa  87  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  20.56 
 
 		 533 aa  76.3  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1450  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 226 aa  57  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2042  two component transcriptional regulator  33.59 
 
 		 282 aa  56.6  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143055  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.08 
 
 		 225 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.08 
 
 		 225 aa  55.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.08 
 
 		 225 aa  55.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.08 
 
 		 225 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 247 aa  55.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.08 
 
 		 225 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 247 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 247 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  30.4 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  30.4 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1524  transcriptional activator protein IrlR  30.4 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  30.4 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 247 aa  55.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  26.98 
 
 		 130 aa  55.5  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2960  two component heavy metal response transcriptional regulator  32 
 
 		 227 aa  55.5  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  30.4 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 247 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  30.4 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  30.4 
 
 		 229 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0649  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  55.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 250 aa  55.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4632  two component transcriptional regulator  27.69 
 
 		 239 aa  54.7  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.920872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3332  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.01 
 
 		 221 aa  54.7  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2574  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2653  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  54.3  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2682  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  54.3  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2700  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.469389  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5980  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 273 aa  53.9  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0635726 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0642  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 291 aa  53.5  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.743353  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1360  response regulator receiver protein  28 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.174372  normal  0.090944 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3209  chemotaxis protein CheY  28 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 253 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 223 aa  52.4  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  28.23 
 
 		 224 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3050  response regulator receiver protein  28 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.217098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1929  response regulator receiver domain-containing protein  24.41 
 
 		 132 aa  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  31.78 
 
 		 266 aa  52.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2918  response regulator receiver protein  28 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.67374  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0239  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 129 aa  52.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.82609  normal  0.256114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3029  response regulator receiver protein  26.77 
 
 		 127 aa  52.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1300  response regulator receiver protein  28 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1367  response regulator receiver protein  28 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.769538  normal  0.49981 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2908  response regulator receiver protein  28 
 
 		 127 aa  52.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.51 
 
 		 223 aa  51.6  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3802  two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 227 aa  52  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711494  normal  0.282515 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.54 
 
 		 260 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1510  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  30.16 
 
 		 227 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  33.6 
 
 		 223 aa  52  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1128  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  28.12 
 
 		 219 aa  51.6  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.40399  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  19.78 
 
 		 576 aa  51.2  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2968  response regulator receiver protein  25.2 
 
 		 131 aa  51.6  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715649 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  28 
 
 		 219 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  28 
 
 		 219 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0334  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 129 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.238286 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0302  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 129 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00186383  normal  0.501704 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4072  chemotaxis receiver protein  25.56 
 
 		 129 aa  51.2  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  28 
 
 		 219 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  28 
 
 		 219 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  28 
 
 		 219 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  28 
 
 		 219 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0125  response regulator receiver domain-containing protein  25.2 
 
 		 131 aa  50.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  32.8 
 
 		 229 aa  50.8  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1192  DNA-binding response regulator  29.27 
 
 		 229 aa  50.8  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00982401  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3871  two component transcriptional regulator  28.91 
 
 		 230 aa  50.8  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1379  response regulator receiver protein  25.38 
 
 		 135 aa  50.8  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>