72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0065 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0031  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.745897  normal  0.775503 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.468205  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0019  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.344566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt029  tRNA-Sec  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0658058  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0001  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000193558  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  90.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>