296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0051 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 88 bp  143  8e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  111  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>