136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0076 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  96.59 
 
 		 88 bp  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 88 bp  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  94.32 
 
 		 88 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0046  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00798672  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  88 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  88 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  88 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  88.52 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t24  tRNA-OTHER  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108568  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4383  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0799273  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000103361  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51230  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.037288  hitchhiker  0.000112039 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>