144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0001 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 88 bp  167  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  159  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  94.32 
 
 		 88 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 89 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0046  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00798672  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  82.95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  82.95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0045  tRNA-Ser  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0142063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_627  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  81.82 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 94 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.3 
 
 		 126 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>