More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6359 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
413 aa  844    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  36.7 
 
 
396 aa  235  9e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0615  Formyl-CoA transferase  35.82 
 
 
411 aa  226  6e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4703  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.11 
 
 
406 aa  221  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00871383  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  36.88 
 
 
412 aa  219  6e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  35.61 
 
 
411 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.34 
 
 
395 aa  216  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.97 
 
 
419 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.01 
 
 
426 aa  214  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  37.13 
 
 
406 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.32 
 
 
388 aa  214  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.96 
 
 
406 aa  213  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.7 
 
 
413 aa  212  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.73 
 
 
405 aa  212  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.46 
 
 
407 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4730  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.65 
 
 
404 aa  210  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.24 
 
 
403 aa  210  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.86 
 
 
411 aa  209  6e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4116  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
396 aa  208  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.64 
 
 
409 aa  207  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.88 
 
 
415 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  37.32 
 
 
396 aa  206  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4320  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
468 aa  206  7e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.548307  normal  0.65534 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0580  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
405 aa  206  7e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.82 
 
 
422 aa  206  9e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.47 
 
 
406 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  32.27 
 
 
419 aa  205  1e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4315  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
453 aa  204  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.7 
 
 
416 aa  203  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.73 
 
 
409 aa  203  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  37.68 
 
 
396 aa  203  5e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2229  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.41 
 
 
396 aa  202  6e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.135907  normal  0.368689 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3593  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.65 
 
 
401 aa  202  8e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.717963  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7159  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.55 
 
 
413 aa  202  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.71 
 
 
406 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 
413 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  32.77 
 
 
406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.77 
 
 
406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.39 
 
 
413 aa  201  3e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.68 
 
 
423 aa  201  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.56 
 
 
411 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  35.11 
 
 
390 aa  200  5e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.77 
 
 
407 aa  200  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.62 
 
 
406 aa  199  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
385 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5511  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.04 
 
 
406 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91473  normal  0.324907 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.04 
 
 
406 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  33.33 
 
 
418 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6023  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 
403 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46838  normal  0.424375 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.73 
 
 
406 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.45 
 
 
399 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.607597  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.21 
 
 
407 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
418 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.86 
 
 
395 aa  197  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.47 
 
 
395 aa  197  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.54 
 
 
389 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514677  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.37 
 
 
406 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2012  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.54 
 
 
389 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4341  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.7 
 
 
407 aa  196  7e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.563704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 
406 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.79 
 
 
389 aa  196  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.312064  normal  0.826665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3024  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
416 aa  196  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3312  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.79 
 
 
406 aa  196  9e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.410057 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.2 
 
 
423 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.18 
 
 
424 aa  195  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.94 
 
 
398 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2717  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 
404 aa  194  3e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455998  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  32.74 
 
 
407 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1827  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.29 
 
 
445 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125103  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.78 
 
 
412 aa  193  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.965976 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3999  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.47 
 
 
397 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.26 
 
 
402 aa  192  6e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.06 
 
 
423 aa  192  7e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
388 aa  192  8e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  33.49 
 
 
406 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
413 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  32.55 
 
 
406 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.74 
 
 
413 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.23 
 
 
407 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.95 
 
 
415 aa  192  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  31.71 
 
 
399 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  33.33 
 
 
393 aa  191  2e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.78 
 
 
406 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.35 
 
 
408 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5748  Formyl-CoA transferase  35.19 
 
 
397 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  35.29 
 
 
429 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3001  CAIB/BAIF family protein  32.2 
 
 
410 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0834933  normal  0.0227508 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  33.41 
 
 
413 aa  190  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.09 
 
 
431 aa  190  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  33.41 
 
 
413 aa  190  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0445  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.4 
 
 
405 aa  190  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225942  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.94 
 
 
406 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.13 
 
 
404 aa  189  5.999999999999999e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 
410 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.514064  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.46 
 
 
433 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2199  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
401 aa  189  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 
415 aa  189  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.96 
 
 
435 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  32.93 
 
 
404 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
408 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.232318  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>