More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2165 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8058  AMP-dependent synthetase and ligase  68.87 
 
 		 514 aa  718    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2165  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 511 aa  1037    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.708059 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0056  AMP-dependent synthetase and ligase  70.38 
 
 		 517 aa  719    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2139  AMP-dependent synthetase and ligase  68.16 
 
 		 510 aa  684    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00340714  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  68.95 
 
 		 511 aa  710    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2009  AMP-dependent synthetase and ligase  76.39 
 
 		 521 aa  753    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.11837  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0588  AMP-dependent synthetase and ligase  61.9 
 
 		 515 aa  633  1e-180  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.204195  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  42.03 
 
 		 530 aa  413  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  42.29 
 
 		 531 aa  409  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5356  AMP-dependent synthetase and ligase  44.44 
 
 		 523 aa  373  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4009  AMP-dependent synthetase and ligase  39.12 
 
 		 540 aa  364  2e-99  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1369  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 		 541 aa  355  1e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00896755  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0820  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 538 aa  354  2e-96  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.594452 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  39.47 
 
 		 532 aa  352  8.999999999999999e-96  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3355  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 		 537 aa  352  1e-95  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  39.81 
 
 		 523 aa  347  2e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  38.67 
 
 		 560 aa  345  1e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0030  AMP-dependent synthetase and ligase  38.08 
 
 		 541 aa  325  9e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 		 549 aa  320  3e-86  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3817  acyl-CoA synthetase  37.86 
 
 		 539 aa  317  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.710335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3119  acyl-CoA synthetase  37.1 
 
 		 549 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.186561  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2709  acyl-CoA synthetase  36.79 
 
 		 549 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2005  acyl-CoA synthetase  36.4 
 
 		 547 aa  311  2e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0857661  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6506  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 		 545 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00389964  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4096  acyl-CoA synthetase  36.59 
 
 		 547 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212968 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1658  acyl-CoA synthetase  37.27 
 
 		 542 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.125326  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2221  acyl-CoA synthetase  37.52 
 
 		 540 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2795  acyl-CoA synthetase  37.08 
 
 		 548 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2684  acyl-CoA synthetase  36.53 
 
 		 549 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2720  acyl-CoA synthetase  37.55 
 
 		 549 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120351  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25250  acyl-CoA synthetase  36.79 
 
 		 540 aa  307  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2093  acyl-CoA synthetase  36.5 
 
 		 542 aa  306  5.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100174  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3553  acyl-CoA synthetase  37.14 
 
 		 540 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0019  acyl-CoA synthetase  38.58 
 
 		 544 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0024  acyl-CoA synthetase  37.94 
 
 		 544 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.702064 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2536  acyl-CoA synthetase  35.11 
 
 		 558 aa  303  6.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 542 aa  302  9e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.656252  hitchhiker  0.0000000000010579 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2369  acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 540 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.42 
 
 		 520 aa  302  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4913  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 		 545 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3250  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 		 545 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0550813  normal  0.598947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0900  acyl-CoA synthetase  36.07 
 
 		 540 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0183173  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4911  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 550 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09660  acyl-CoA synthetase  35.88 
 
 		 540 aa  300  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00865902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1570  acyl-CoA synthetase  35.99 
 
 		 549 aa  299  7e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.228906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  37.01 
 
 		 544 aa  299  7e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4308  acyl-CoA synthetase  38.75 
 
 		 544 aa  299  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458975  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  39.06 
 
 		 502 aa  298  2e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 542 aa  296  6e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591871  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2329  AMP-dependent synthetase and ligase  37.69 
 
 		 521 aa  294  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.247287  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 545 aa  294  3e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2483  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 548 aa  294  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.279875  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1108  acyl-CoA synthetase  37.33 
 
 		 551 aa  294  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4590  acyl-CoA synthetase  37.33 
 
 		 551 aa  294  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.907923 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3590  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 547 aa  293  6e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6109  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 558 aa  293  7e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.649133  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5768  acyl-CoA synthetase  37.5 
 
 		 544 aa  292  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.915964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 550 aa  291  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0896483  normal  0.0414381 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1076  acyl-CoA synthetase  37.38 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3713  acyl-CoA synthetase  35.29 
 
 		 550 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35940  acyl-CoA synthetase  37.24 
 
 		 548 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0629004  hitchhiker  4.55863e-16 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0226  acyl-CoA synthetase  34.33 
 
 		 545 aa  290  3e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 		 520 aa  290  4e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0993  acyl-CoA synthetase  37.38 
 
 		 553 aa  290  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.936979  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2306  acyl-CoA synthetase  37.38 
 
 		 553 aa  290  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0511  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 551 aa  290  5.0000000000000004e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0509  acyl-CoA synthetase  37.01 
 
 		 553 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1394  acyl-CoA synthetase  37.01 
 
 		 553 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592914  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0138  acyl-CoA synthetase  36.82 
 
 		 553 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4191  acyl-CoA synthetase  34.93 
 
 		 550 aa  289  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408436  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1474  acyl-CoA synthetase  36.82 
 
 		 553 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0063  AMP-dependent synthetase and ligase  36.97 
 
 		 550 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 652 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.497537  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1686  acyl-CoA synthetase  37.38 
 
 		 553 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1170  acyl-CoA synthetase  33.46 
 
 		 543 aa  286  4e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0279011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 526 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 548 aa  286  5.999999999999999e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3222  acyl-CoA synthetase  34.93 
 
 		 550 aa  286  8e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.831142  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4071  acyl-CoA synthetase  34.93 
 
 		 550 aa  286  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4295  acyl-CoA synthetase  34.93 
 
 		 550 aa  286  8e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2689  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 543 aa  286  9e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.586965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6221  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 550 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3533  acyl-CoA synthetase  36.07 
 
 		 546 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.8024  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7038  hypothetical protein  35.2 
 
 		 544 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2076  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 556 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0086171 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2111  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 		 560 aa  284  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 518 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0683  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 550 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000214245  normal  0.363431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1502  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 545 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4540  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 		 543 aa  282  1e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4171  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 543 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6026  AMP-dependent synthetase and ligase  34.84 
 
 		 550 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 550 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1724  acyl-CoA synthetase  35.33 
 
 		 556 aa  279  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 		 519 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4259  AMP-binding protein  33.58 
 
 		 541 aa  276  6e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 518 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 543 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 		 526 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>