140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Elen_R0003 on replicon NC_013204
Organism: Eggerthella lenta DSM 2243



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 92 bp  111  3e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 91 bp  103  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 94 bp  73.8  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 95 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000630306  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0075  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681834  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0040  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565956  normal  0.627956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0083  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0064  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383079  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  85.39 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 86 bp  56  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t24  tRNA-OTHER  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108568  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4383  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0799273  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000103361  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51230  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.037288  hitchhiker  0.000112039 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>