135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0016 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0046  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.426142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5733  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5695  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5292  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5228  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0148  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>