219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0683 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  100 
 
 		 426 aa  874    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  77.49 
 
 		 437 aa  674    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  78.45 
 
 		 441 aa  681    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  78.42 
 
 		 440 aa  675    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  70.91 
 
 		 430 aa  613  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0779  putative RNA methylase  67.92 
 
 		 428 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  62.85 
 
 		 468 aa  570  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  66.59 
 
 		 413 aa  560  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3711  putative RNA methylase  61.02 
 
 		 471 aa  544  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.0760034 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4180  putative RNA methylase  54.48 
 
 		 440 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  47.31 
 
 		 432 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  47.31 
 
 		 432 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  47.43 
 
 		 425 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  47.18 
 
 		 432 aa  354  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  46.85 
 
 		 434 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  46.85 
 
 		 434 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  46.85 
 
 		 434 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  47.07 
 
 		 433 aa  353  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  46 
 
 		 417 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  46.08 
 
 		 419 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  47.81 
 
 		 430 aa  346  4e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  44.62 
 
 		 430 aa  342  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  46.79 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  46.79 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  46.79 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  46.79 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  46.79 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  46.79 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  46.79 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  43.91 
 
 		 433 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0237  putative RNA methylase  40.34 
 
 		 485 aa  332  1e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.601089  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0259  putative RNA methylase  40.38 
 
 		 480 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2739  hypothetical protein  42.58 
 
 		 471 aa  323  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2568  putative RNA methylase  43.51 
 
 		 472 aa  322  6e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509771 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2978  putative RNA methylase  43.94 
 
 		 472 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0147  N6-adenine-specific DNA methylase-like protein  56.93 
 
 		 779 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  38.86 
 
 		 399 aa  298  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  41.32 
 
 		 387 aa  296  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  38.13 
 
 		 385 aa  296  4e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  40.36 
 
 		 380 aa  282  8.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  37.59 
 
 		 376 aa  260  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  36.82 
 
 		 398 aa  257  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  36.86 
 
 		 376 aa  258  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  36.3 
 
 		 375 aa  253  6e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  36.57 
 
 		 391 aa  241  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.79 
 
 		 749 aa  239  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  34 
 
 		 393 aa  236  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  34.64 
 
 		 389 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  36.59 
 
 		 393 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35 
 
 		 708 aa  231  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.67 
 
 		 712 aa  228  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.5 
 
 		 711 aa  227  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.43 
 
 		 711 aa  225  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.25 
 
 		 709 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.25 
 
 		 709 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.25 
 
 		 709 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.25 
 
 		 709 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4012  putative RNA methylase  35.47 
 
 		 387 aa  223  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.206929  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.79 
 
 		 711 aa  222  8e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.75 
 
 		 709 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.5 
 
 		 713 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.5 
 
 		 713 aa  220  3e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.5 
 
 		 711 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.5 
 
 		 713 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00510  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  34.92 
 
 		 729 aa  216  5e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.563195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1362  hypothetical protein  32.15 
 
 		 484 aa  212  1e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.75 
 
 		 711 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.48 
 
 		 730 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32 
 
 		 699 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.6 
 
 		 715 aa  211  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.29 
 
 		 725 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4154  putative RNA methylase  35.47 
 
 		 387 aa  210  5e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4128  putative RNA methylase  35.47 
 
 		 387 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  30.92 
 
 		 375 aa  209  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1488  hypothetical protein  32.93 
 
 		 393 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00216876  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.6 
 
 		 730 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.25 
 
 		 730 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.25 
 
 		 730 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.6 
 
 		 738 aa  202  8e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0401  putative RNA methylase  32.98 
 
 		 387 aa  202  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.93 
 
 		 713 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2250  putative RNA methylase  33.42 
 
 		 380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.959304  normal  0.130722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.45 
 
 		 701 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.09 
 
 		 705 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.75 
 
 		 711 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.17 
 
 		 718 aa  199  7.999999999999999e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  32.96 
 
 		 380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3255  RNA methylase family protein  31.55 
 
 		 392 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.710684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.52 
 
 		 752 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  32.52 
 
 		 762 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00591  RNA methylase family protein  32.77 
 
 		 374 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.66 
 
 		 707 aa  197  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08561  putative N6-adenine-specific DNA methylase  30.49 
 
 		 381 aa  197  4.0000000000000005e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.35 
 
 		 725 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  0.0000000000188031 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  32.19 
 
 		 374 aa  196  9e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.24 
 
 		 707 aa  195  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0412  putative RNA methylase  36.21 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.456044 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.35 
 
 		 707 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  28.43 
 
 		 375 aa  193  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.27 
 
 		 750 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>