More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5673 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5673  formyl transferase domain-containing protein  100 
 
 
284 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0384109 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5891  formyl transferase domain-containing protein  97.89 
 
 
284 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487641  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1190  formyl transferase domain protein  49.47 
 
 
288 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.738205  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5456  formyl transferase domain-containing protein  50.36 
 
 
288 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0931925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1060  formyl transferase domain-containing protein  49.11 
 
 
288 aa  261  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.113837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1761  formyl transferase domain protein  50.18 
 
 
288 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.805724  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0982  formyl transferase domain protein  50.36 
 
 
288 aa  244  9e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5625  formyl transferase domain-containing protein  49.46 
 
 
287 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.165091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  33.19 
 
 
308 aa  83.2  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  25.27 
 
 
314 aa  82.4  0.000000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  25.27 
 
 
314 aa  82.4  0.000000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  26.44 
 
 
307 aa  78.6  0.0000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  26.34 
 
 
278 aa  79  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  33.19 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6485  methionyl-tRNA formyltransferase  25.75 
 
 
315 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53373  normal  0.520037 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  28.39 
 
 
331 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  29.46 
 
 
301 aa  76.3  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00312  methionyl-tRNA formyltransferase  25.37 
 
 
256 aa  75.5  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  31.33 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  29.57 
 
 
306 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  26.98 
 
 
311 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  29.33 
 
 
302 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  26.13 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  25.87 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  30.09 
 
 
302 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0761  methionyl-tRNA formyltransferase  23.64 
 
 
314 aa  73.2  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000194014 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  26.3 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1412  methionyl-tRNA formyltransferase  23.87 
 
 
302 aa  72.4  0.000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  28.89 
 
 
302 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0907  methionyl-tRNA formyltransferase  30.68 
 
 
310 aa  72  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000822843  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  25.78 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  29.13 
 
 
306 aa  71.2  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  27.63 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  25.78 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  30.41 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  31 
 
 
327 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  25.78 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  28.7 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  26.76 
 
 
307 aa  68.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  29.13 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  27.66 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3564  methionyl-tRNA formyltransferase  26.19 
 
 
344 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  28.51 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1221  methionyl-tRNA formyltransferase  24.39 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.820089  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3859  methionyl-tRNA formyltransferase  31.58 
 
 
323 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  29.52 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0858  methionyl-tRNA formyltransferase  26.46 
 
 
311 aa  67  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  27.18 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  67  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1231  methionyl-tRNA formyltransferase  23.73 
 
 
314 aa  67  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000178496  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  24.89 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  29.96 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  28.47 
 
 
310 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  28.07 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  22.77 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000190251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0017  formyl transferase domain-containing protein  38.46 
 
 
292 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0278166  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  28.57 
 
 
323 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  29.07 
 
 
311 aa  65.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  26.74 
 
 
308 aa  65.9  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  26.19 
 
 
318 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  30.92 
 
 
327 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  25.71 
 
 
318 aa  65.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  30.92 
 
 
327 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
312 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  28.22 
 
 
310 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  30.92 
 
 
327 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0276  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  30.65 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  28.12 
 
 
310 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0050  methionyl-tRNA formyltransferase  23.95 
 
 
319 aa  64.7  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.977686  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0329  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0326  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0269  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0272  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  30.92 
 
 
327 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  30.92 
 
 
337 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  30.92 
 
 
337 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  26.35 
 
 
314 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  27.98 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  30.92 
 
 
337 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0297  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  27.24 
 
 
327 aa  64.3  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  28.12 
 
 
310 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  29.34 
 
 
312 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0278  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1860  methionyl-tRNA formyltransferase  28.69 
 
 
315 aa  64.3  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.346485  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0343  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  27.12 
 
 
316 aa  64.7  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4977  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>