More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7270 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7270  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
306 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2592  ABC transporter permease  79.67 
 
 
305 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.188243 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.56 
 
 
307 aa  428  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.47 
 
 
307 aa  421  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.141859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.12 
 
 
307 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.686442 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1453  ABC peptide/nickel/opine transporter, inner membrane subunit  71.04 
 
 
303 aa  411  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0266699  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.04 
 
 
303 aa  411  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0171578 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
310 aa  207  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
284 aa  205  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.125727 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
312 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.05 
 
 
300 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
322 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
300 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
300 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
308 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
274 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
280 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
280 aa  186  6e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  37.91 
 
 
288 aa  185  9e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  39.16 
 
 
650 aa  184  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
284 aa  179  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317489  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.75 
 
 
285 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
308 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
299 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
310 aa  178  9e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  37.75 
 
 
282 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
300 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
309 aa  178  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
305 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1799  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
285 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.160899  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
302 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.96 
 
 
284 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
284 aa  176  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
304 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  34.17 
 
 
304 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
305 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  36.59 
 
 
301 aa  176  6e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  34.81 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  38.31 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
296 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  34.32 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  34.32 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.25 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  35.25 
 
 
283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  34.77 
 
 
302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  38.37 
 
 
313 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  38.37 
 
 
313 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  38.37 
 
 
313 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  38.37 
 
 
313 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
303 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  38.37 
 
 
313 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  38.37 
 
 
313 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  38.37 
 
 
313 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  38.17 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
300 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
304 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
284 aa  172  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
304 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
304 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
293 aa  171  9e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
300 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
292 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
299 aa  171  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
285 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 
283 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
307 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  33.22 
 
 
298 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
280 aa  170  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  36.79 
 
 
304 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
313 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  35.32 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
303 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  38.37 
 
 
313 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.32 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  35.32 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.32 
 
 
298 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
293 aa  169  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
297 aa  169  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
304 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
310 aa  169  5e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
300 aa  169  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
301 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.32 
 
 
298 aa  169  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
300 aa  168  8e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 
309 aa  168  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
298 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.89 
 
 
302 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
309 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
315 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>