24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1066 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1066  pilus assembly protein TraF, putative  100 
 
 		 337 aa  702    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.525771  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0374  sex pilus assembly protein  29.7 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6222  sex pilus assembly protein  25 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.641556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0187  type IV conjugative transfer system protein TraF  27.85 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00056755 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2329  hypothetical protein  25 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.370082  normal  0.787309 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4270  hypothetical protein  23.08 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000107556  normal  0.839186 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5381  TraF-like protein  24 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.342632 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2662  hypothetical protein  23.4 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2167  hypothetical protein  25.53 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3996  hypothetical protein  26.74 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4169  hypothetical protein  28.26 
 
 		 270 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.347848 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4235  hypothetical protein  25.75 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4299  conjugal pilus assembly protein TraF  21.86 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420185 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1526  hypothetical protein  21.31 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00702216  normal  0.485209 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4508  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  23.89 
 
 		 291 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4529  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  23.58 
 
 		 291 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.92832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4432  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  23.58 
 
 		 291 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4621  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  23.48 
 
 		 291 aa  53.1  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4384  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  23.58 
 
 		 291 aa  53.1  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4436  Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  23.48 
 
 		 291 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6813  hypothetical protein  21.05 
 
 		 269 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2124  thioredoxin domain-containing protein  22.67 
 
 		 279 aa  43.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0197  glutaredoxin 2  22 
 
 		 279 aa  42.7  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0252  glutaredoxin 2  22 
 
 		 278 aa  42.7  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>