More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1071 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
285 aa  581  1.0000000000000001e-165  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.29 
 
 
283 aa  325  7e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53 
 
 
283 aa  322  5e-87  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.41 
 
 
282 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.76 
 
 
286 aa  282  6.000000000000001e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
278 aa  226  4e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.81 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.15 
 
 
284 aa  212  7e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.79 
 
 
284 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
285 aa  211  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.79 
 
 
284 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.79 
 
 
284 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.79 
 
 
284 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.79 
 
 
284 aa  208  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.43 
 
 
284 aa  206  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
284 aa  205  5e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
284 aa  204  1e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.158917  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
287 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1621  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.08 
 
 
281 aa  199  5e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.92 
 
 
283 aa  198  7e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
296 aa  195  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.88 
 
 
294 aa  195  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.88 
 
 
294 aa  195  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.92 
 
 
280 aa  190  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.94 
 
 
280 aa  188  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
246 aa  188  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.11 
 
 
278 aa  187  3e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1537  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.14 
 
 
275 aa  186  4e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00194378  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.69 
 
 
283 aa  185  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.89 
 
 
305 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.81 
 
 
296 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.93 
 
 
281 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.83 
 
 
286 aa  183  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.81 
 
 
296 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
276 aa  182  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
261 aa  182  7e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
283 aa  182  7e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
461 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.77 
 
 
237 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.69 
 
 
288 aa  181  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.47 
 
 
292 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.9 
 
 
296 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.99 
 
 
291 aa  179  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.47 
 
 
294 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.91 
 
 
288 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.81 
 
 
287 aa  179  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.97 
 
 
277 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.03 
 
 
295 aa  178  7e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.62 
 
 
270 aa  178  8e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.51 
 
 
287 aa  178  9e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  34.45 
 
 
305 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.14 
 
 
296 aa  177  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.11 
 
 
291 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.1 
 
 
290 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.8 
 
 
299 aa  176  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.01 
 
 
293 aa  176  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.61 
 
 
299 aa  176  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.48 
 
 
298 aa  176  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
281 aa  176  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35 
 
 
300 aa  175  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  36.27 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.93 
 
 
299 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  36.27 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.25 
 
 
299 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.9 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.15 
 
 
286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.23 
 
 
304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
283 aa  172  7.999999999999999e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.12 
 
 
296 aa  171  9e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  37.06 
 
 
283 aa  171  9e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
299 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
270 aa  171  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.11 
 
 
301 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.45 
 
 
306 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
294 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.44 
 
 
301 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.89 
 
 
314 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.77 
 
 
298 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.97 
 
 
297 aa  170  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.74 
 
 
281 aa  171  2e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.12 
 
 
296 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.99 
 
 
292 aa  170  3e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
299 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
290 aa  169  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.73 
 
 
293 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.95 
 
 
279 aa  169  5e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.88 
 
 
299 aa  169  6e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.64 
 
 
296 aa  169  7e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.96 
 
 
289 aa  169  7e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.21 
 
 
298 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.14 
 
 
296 aa  168  7e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.6 
 
 
294 aa  168  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.44 
 
 
301 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.45 
 
 
300 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>