70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2539 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2539  zinc/manganese transport system permease protein  100 
 
 		 256 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.421777  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0566  ABC 3 transport family protein  49.78 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0618  ABC-3 protein  48.37 
 
 		 286 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.087201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0567  ABC-3 protein  49.78 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3462  ABC-3 protein  49.78 
 
 		 259 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0568  ABC-3 protein  49.78 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3309  ABC-3 protein  49.78 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.224275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4332  ABC-3 protein  46.69 
 
 		 265 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0529  hypothetical protein  48.7 
 
 		 263 aa  177  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00670346  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3140  ABC 3 transport family protein  49.79 
 
 		 251 aa  175  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3515  ABC-3 protein  48.51 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0449  ABC-3 protein  52.21 
 
 		 263 aa  169  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.856508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0528  ABC-3 protein  50.43 
 
 		 266 aa  165  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3797  ABC-3 protein  50.43 
 
 		 266 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.48799  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3923  ABC-3 protein  50.43 
 
 		 266 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00893533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3740  ABC-3 protein  50.43 
 
 		 266 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3714  ABC-3 protein  47.7 
 
 		 263 aa  165  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06464  hypothetical protein  37.8 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000604  zinc ABC transporter permease protein ZnuB  38.08 
 
 		 267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000103291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2782  ABC-3 protein  38.3 
 
 		 466 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1547  ABC-3 protein  29.39 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363711  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0050  putative manganese transport system permease protein  29.57 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72590  permease of ABC zinc transporter ZnuB  31.56 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6302  permease of ABC zinc transporter ZnuB  31.15 
 
 		 262 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5111  ABC-3 protein  32.23 
 
 		 260 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.156764 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4498  ABC-3 protein  30 
 
 		 262 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3777  ABC-3 protein  33.8 
 
 		 270 aa  52.4  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0134  ABC-3 protein  32.23 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0132  ABC-3 protein  32.23 
 
 		 260 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.654734 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2716  ABC-3 protein  29.44 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.585165  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01830  high-affinity zinc transporter membrane component  27.62 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0395688  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01818  hypothetical protein  27.62 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0233663  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1773  high-affinity zinc transporter membrane component  27.62 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2089  high-affinity zinc transporter membrane component  27.62 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000234028  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1781  ABC-3 protein  27.62 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666084  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1952  high-affinity zinc transporter membrane component  27.62 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0398109  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1327  high-affinity zinc transporter membrane component  27.2 
 
 		 261 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0274583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0955  high-affinity zinc transporter membrane component  27.2 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0177046  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1124  zinc ABC transporter, permease protein  29.87 
 
 		 286 aa  50.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.750494  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2428  high-affinity zinc transporter membrane component  27.23 
 
 		 261 aa  49.7  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000440867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4771  ABC-3 protein  32.22 
 
 		 287 aa  49.7  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129211  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2382  ABC-3 protein  28.74 
 
 		 271 aa  48.9  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502952  normal  0.42152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0278  hypothetical protein  29.51 
 
 		 262 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3180  ABC-3 protein  38.16 
 
 		 272 aa  48.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.131337  normal  0.114587 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2595  high-affinity zinc transporter membrane component  26.78 
 
 		 261 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140343  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5265  zinc ABC transporter, permease protein  29.1 
 
 		 262 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4137  ABC-3 protein  32.84 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.198915 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2775  high-affinity zinc transporter membrane component  39.51 
 
 		 261 aa  47.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000664264  hitchhiker  0.0068137 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0062  hypothetical protein  29.51 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0117  hypothetical protein  29.34 
 
 		 260 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.772352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2052  high-affinity zinc transporter membrane component  27.2 
 
 		 261 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00746645  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1231  high-affinity zinc transporter membrane component  27.23 
 
 		 261 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0480731  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2107  high-affinity zinc transporter membrane component  27.23 
 
 		 261 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0995017  normal  0.378427 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2047  high-affinity zinc transporter membrane component  27.23 
 
 		 261 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.397318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0402  ABC-3 protein  29.13 
 
 		 273 aa  46.2  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1355  high-affinity zinc transporter membrane component  27.23 
 
 		 261 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  hitchhiker  0.00410518 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00860  zinc ABC transporter, permease protein  38.83 
 
 		 262 aa  45.8  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.952452  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4178  ABC-3 protein  28.57 
 
 		 273 aa  45.8  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.162455  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0362  cation ABC transporter, permease protein, putative  26.6 
 
 		 266 aa  45.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2421  ABC Mn2+/Zn2+ transporter,inner membrane subunit  30.81 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3154  hypothetical protein  44.58 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.87263 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0220  zinc ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 125 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3567  ABC zinc tranporter, inner membrane subunit ZnuB  44.58 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3250  ABC-3 protein  44.58 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.161789 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1825  high-affinity zinc transporter membrane component  37.31 
 
 		 261 aa  44.3  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.206601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2109  high-affinity zinc transporter membrane component  37.31 
 
 		 261 aa  44.3  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.14561  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1197  ABC-3 protein  39.77 
 
 		 273 aa  43.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.620873  normal  0.0904555 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2253  high-affinity zinc transporter membrane component  33.33 
 
 		 261 aa  42.7  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246644  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0850  high-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB  34.83 
 
 		 261 aa  42.4  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.714968  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1029  zinc ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 286 aa  42  0.01  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>