More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4687 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4687  50S ribosomal protein L2  100 
 
 
275 aa  555  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.99794e-06  unclonable  2.35543e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4314  50S ribosomal protein L2  97.82 
 
 
275 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.00463e-05  unclonable  7.49477e-11 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0161  50S ribosomal protein L2  96 
 
 
275 aa  517  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128131  decreased coverage  5.1786e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3756  50S ribosomal protein L2  94.53 
 
 
274 aa  510  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.43067e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0187  50S ribosomal protein L2  94.18 
 
 
275 aa  508  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000586995  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0199  50S ribosomal protein L2  94.53 
 
 
274 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.02621e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0202  50S ribosomal protein L2  94.16 
 
 
274 aa  507  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000118322  unclonable  2.86265e-11 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0203  50S ribosomal protein L2  94.53 
 
 
274 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.73146e-06  unclonable  1.03945e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0197  50S ribosomal protein L2  94.16 
 
 
274 aa  507  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0317166  decreased coverage  0.000296247 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0202  50S ribosomal protein L2  94.16 
 
 
274 aa  507  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  9.98768e-09  hitchhiker  1.61676e-09 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4167  50S ribosomal protein L2  94.53 
 
 
274 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  6.17746e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4053  50S ribosomal protein L2  94.53 
 
 
274 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.80154e-05  unclonable  7.8999e-12 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0151  50S ribosomal protein L2  94.53 
 
 
274 aa  504  1e-142  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.41457e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0234  50S ribosomal protein L2  93.8 
 
 
274 aa  506  1e-142  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0216  50S ribosomal protein L2  93.07 
 
 
274 aa  500  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.16204e-05  unclonable  8.65154e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0173  50S ribosomal protein L2  92.34 
 
 
274 aa  498  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.99734e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3912  50S ribosomal protein L2  81.45 
 
 
274 aa  464  1e-130  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.5044e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4541  50S ribosomal protein L2  82.18 
 
 
274 aa  465  1e-130  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.06039e-07  hitchhiker  0.00201461 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3521  50S ribosomal protein L2  84.36 
 
 
275 aa  464  1e-130  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  2.87143e-05  hitchhiker  1.19311e-06 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0587  50S ribosomal protein L2  81.45 
 
 
274 aa  464  1e-130  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.0829e-09  normal  0.227169 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0286  50S ribosomal protein L2  81.45 
 
 
274 aa  464  1e-130  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.15964e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03168  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00146365  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3702  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.37187e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3633  50S ribosomal protein L2  81.75 
 
 
273 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.93877e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03119  hypothetical protein  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0326  50S ribosomal protein L2  81.39 
 
 
273 aa  461  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  2.91678e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3819  50S ribosomal protein L2  81.75 
 
 
273 aa  462  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3706  50S ribosomal protein L2  81.75 
 
 
273 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00279259  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3741  50S ribosomal protein L2  81.75 
 
 
273 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69026  normal  0.0152471 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3804  50S ribosomal protein L2  81.75 
 
 
273 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0396  ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.01214e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0396  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  7.2222e-06  hitchhiker  0.000353424 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3612  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000120655  hitchhiker  0.00428222 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4640  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  0.0584567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3748  50S ribosomal protein L2  81.39 
 
 
273 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  hitchhiker  0.00494792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3800  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.57775e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3511  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
273 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.12597e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3633  50S ribosomal protein L2  81.75 
 
 
273 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0350833  normal  0.361481 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0408  50S ribosomal protein L2  81.02 
 
 
273 aa  459  1e-128  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2171  50S ribosomal protein L2  84.67 
 
 
274 aa  459  1e-128  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.452e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3998  50S ribosomal protein L2  81.39 
 
 
273 aa  460  1e-128  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  3.02361e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0870  50S ribosomal protein L2  82.48 
 
 
274 aa  456  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00448  50S ribosomal protein L2  83.94 
 
 
274 aa  452  1e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0129739  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0323  50S ribosomal protein L2  82.85 
 
 
274 aa  453  1e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0151073  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00733  50S ribosomal protein L2  81.75 
 
 
274 aa  445  1e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0062  50S ribosomal protein L2  79.2 
 
 
273 aa  445  1e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  3.94369e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0472  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
274 aa  444  1e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.11263e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  78.31 
 
 
273 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  78.31 
 
 
273 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0116261 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2321  50S ribosomal protein L2  76.73 
 
 
274 aa  437  1e-122  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  9.9496e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0963  50S ribosomal protein L2  82.91 
 
 
275 aa  439  1e-122  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00625904  hitchhiker  1.61737e-06 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001739  LSU ribosomal protein L2p (L8e)  81.39 
 
 
274 aa  439  1e-122  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.88228e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0424  50S ribosomal protein L2  78.18 
 
 
275 aa  431  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0891588  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0722  50S ribosomal protein L2  78.91 
 
 
275 aa  431  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  8.07709e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06280  50S ribosomal protein L2  79.78 
 
 
273 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4273  50S ribosomal protein L2  78.1 
 
 
274 aa  425  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.88433e-05  unclonable  5.01812e-12 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0351  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  1.23883e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0330  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  4.14315e-06  normal  0.021485 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0270  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00297501  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0279  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  5.85498e-10  normal  0.0839884 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2756  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  1.62377e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3450  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  421  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  7.64843e-09  decreased coverage  0.00435128 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0408  50S ribosomal protein L2  72.73 
 
 
275 aa  419  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.9918e-06  normal  0.14889 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0282  50S ribosomal protein L2  72.43 
 
 
277 aa  416  1e-115  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.61647e-08  hitchhiker  1.93986e-06 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0317  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  414  1e-115  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  3.80441e-05  decreased coverage  0.00287275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2837  50S ribosomal protein L2  70.91 
 
 
275 aa  417  1e-115  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  3.26026e-05  normal  0.198819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0487  50S ribosomal protein L2  78.02 
 
 
274 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0341387  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0770  50S ribosomal protein L2  71.32 
 
 
277 aa  413  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.281311  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3335  50S ribosomal protein L2  70.55 
 
 
275 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  6.45842e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3906  50S ribosomal protein L2  77.66 
 
 
274 aa  411  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289546  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4746  50S ribosomal protein L2  77.29 
 
 
274 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00153291  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0490  50S ribosomal protein L2  76.92 
 
 
274 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  2.53797e-07  normal  0.122474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5076  50S ribosomal protein L2  78.02 
 
 
274 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  6.26966e-07  normal  0.299104 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0298  50S ribosomal protein L2  77.82 
 
 
275 aa  410  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00025292  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0629  ribosomal protein L2  77.66 
 
 
274 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000177607  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0457  50S ribosomal protein L2  76.92 
 
 
274 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271317  unclonable  2.09689e-07 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4545  50S ribosomal protein L2  78.02 
 
 
274 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0677044 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3641  50S ribosomal protein L2  69.82 
 
 
275 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  5.85895e-08  hitchhiker  2.61127e-11 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2629  50S ribosomal protein L2  72 
 
 
275 aa  405  1e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  2.17343e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3801  50S ribosomal protein L2  72 
 
 
275 aa  405  1e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0211596  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3743  50S ribosomal protein L2  72 
 
 
275 aa  405  1e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  2.72978e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3773  50S ribosomal protein L2  72 
 
 
275 aa  405  1e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  1.05761e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3166  50S ribosomal protein L2  72 
 
 
275 aa  405  1e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  9.40413e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0461  50S ribosomal protein L2  74.09 
 
 
274 aa  401  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1927  50S ribosomal protein L2  71.64 
 
 
275 aa  401  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  1.32135e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3016  50S ribosomal protein L2  70.29 
 
 
276 aa  401  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  2.36322e-07  decreased coverage  0.00250234 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2166  ribosomal protein L2  70.44 
 
 
273 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000491264  normal  0.227842 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3481  50S ribosomal protein L2  71.64 
 
 
275 aa  401  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000122656  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0252  50S ribosomal protein L2  71.64 
 
 
275 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.67103e-05  normal  0.0370671 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0331  50S ribosomal protein L2  72.53 
 
 
272 aa  397  1e-110  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3065  50S ribosomal protein L2  71.27 
 
 
275 aa  400  1e-110  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  4.0785e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0326  ribosomal protein L2  72.63 
 
 
274 aa  399  1e-110  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  4.80771e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2947  50S ribosomal protein L2  69.57 
 
 
276 aa  397  1e-110  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0126826  decreased coverage  1.7325e-07 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3294  50S ribosomal protein L2  69.57 
 
 
276 aa  399  1e-110  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  1.05073e-07  hitchhiker  9.20299e-06 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0855  50S ribosomal protein L2  75.18 
 
 
274 aa  395  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.584822  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0322  50S ribosomal protein L2  73.82 
 
 
275 aa  395  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.49804e-15  unclonable  4.54999e-08 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0497  50S ribosomal protein L2  69.96 
 
 
275 aa  392  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  3.98645e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2369  50S ribosomal protein L2  73.09 
 
 
275 aa  390  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.962452  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0436  50S ribosomal protein L2  69.96 
 
 
275 aa  392  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00110098  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3314  50S ribosomal protein L2  68.48 
 
 
276 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.7691e-05  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>