190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1908 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1908  aspartate racemase  100 
 
 
231 aa  471  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400117  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2728  hypothetical protein  72.49 
 
 
230 aa  351  6e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.881231  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000098  aspartate racemase  64.78 
 
 
231 aa  328  3e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.220289  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1375  aspartate racemase  67.39 
 
 
233 aa  323  9e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1897  aspartate racemase  66.38 
 
 
231 aa  320  9e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0941  aspartate racemase  63.48 
 
 
230 aa  320  2e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0199  aspartate racemase  64.19 
 
 
239 aa  309  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2098  aspartate racemase  63.32 
 
 
229 aa  303  2e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.817779 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2886  hypothetical protein  60.89 
 
 
225 aa  295  3e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03998  aspartate racemase  58.08 
 
 
232 aa  292  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3053  aspartate racemase  61.57 
 
 
239 aa  289  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0370  aspartate racemase family protein  57.64 
 
 
231 aa  284  7e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  8.27408e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1521  aspartate racemase  57.64 
 
 
231 aa  284  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00121722  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1412  aspartate racemase family protein  57.64 
 
 
230 aa  284  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.93401e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1062  aspartate racemase  58.95 
 
 
229 aa  284  1e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1171  aspartate racemase  56.33 
 
 
235 aa  280  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000110091  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3685  aspartate racemase  59.39 
 
 
233 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.209881 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1262  aspartate racemase  56.77 
 
 
231 aa  270  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.399281  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4003  aspartate racemase  53.91 
 
 
231 aa  270  1e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  4.29712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2987  putative racemase  52.61 
 
 
230 aa  269  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0674464 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3160  aspartate racemase  55.02 
 
 
236 aa  269  3e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  6.32506e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0550  aspartate racemase  55.02 
 
 
230 aa  269  3e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112794  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2793  aspartate racemase  53.64 
 
 
230 aa  268  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02649  hypothetical protein  52.61 
 
 
230 aa  266  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3160  putative racemase  52.61 
 
 
230 aa  266  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3023  putative racemase  52.61 
 
 
230 aa  266  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0875  putative racemase  52.61 
 
 
230 aa  266  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4108  putative racemase  52.61 
 
 
230 aa  266  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  3.97336e-05 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2987  putative racemase  52.61 
 
 
230 aa  266  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02688  predicted racemase  52.61 
 
 
230 aa  266  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3120  aspartate racemase family protein  54.78 
 
 
231 aa  265  6e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.755099  hitchhiker  1.48082e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1530  aspartate racemase  51.09 
 
 
232 aa  264  9e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.204202 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0850  aspartate racemase  52.17 
 
 
230 aa  262  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2067  aspartate racemase family protein  53.71 
 
 
235 aa  260  1e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2223  aspartate racemase family protein  53.71 
 
 
235 aa  260  1e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0005  aspartate racemase  58.52 
 
 
232 aa  260  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2205  aspartate racemase family protein  53.91 
 
 
230 aa  260  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2599  aspartate racemase  50.87 
 
 
232 aa  259  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577714  normal  0.0780411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3727  aspartate racemase  56.33 
 
 
243 aa  259  3e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1127  aspartate racemase  53.95 
 
 
230 aa  258  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.10247  normal  0.372995 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4593  aspartate racemase  53.71 
 
 
230 aa  258  4e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243748  normal  0.631 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2251  aspartate racemase family protein  53.28 
 
 
232 aa  258  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.85155e-27 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2007  aspartate racemase  53.28 
 
 
232 aa  258  4e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.273541  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3286  putative racemase  51.53 
 
 
230 aa  258  4e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.989342  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1157  aspartate racemase  52.19 
 
 
230 aa  258  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4003  putative aspartate racemase  51.36 
 
 
242 aa  258  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2006  aspartate racemase  53.71 
 
 
232 aa  257  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.975999  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2048  aspartate racemase  52.84 
 
 
232 aa  255  4e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00935047  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5934  aspartate racemase  53.07 
 
 
230 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.137693  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3409  aspartate racemase  57.27 
 
 
230 aa  254  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2143  aspartate racemase  53.07 
 
 
230 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.578734  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0902  aspartate racemase  52.65 
 
 
233 aa  253  1e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.311636 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4559  aspartate racemase  51.09 
 
 
231 aa  253  2e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.110424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2161  aspartate racemase  52.63 
 
 
230 aa  253  2e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.779512  normal  0.822901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5449  aspartate racemase  53.07 
 
 
230 aa  252  4e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2053  aspartate racemase  53.07 
 
 
230 aa  251  8e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3347  putative racemase  51.97 
 
 
235 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.042763 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3165  putative racemase  51.97 
 
 
235 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3183  putative racemase  51.97 
 
 
235 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2335  aspartate racemase family protein  51.97 
 
 
234 aa  250  1e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.209175  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3246  putative racemase  51.97 
 
 
235 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  4.45722e-05 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3231  putative racemase  51.97 
 
 
235 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  1.34766e-05 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0021  aspartate racemase  51.75 
 
 
239 aa  249  2e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0279038  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1147  aspartate racemase  52.84 
 
 
241 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.718342  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0351  aspartate racemase  55.9 
 
 
230 aa  248  5e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2253  aspartate racemase family protein  52.4 
 
 
232 aa  248  6e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.159416  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2180  aspartate racemase  52.63 
 
 
230 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2977  aspartate racemase  49.78 
 
 
246 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85375  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1412  aspartate racemase  50 
 
 
229 aa  245  5e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0120  aspartate racemase, putative  49.34 
 
 
231 aa  243  2e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0080  aspartate racemase, putative  49.34 
 
 
231 aa  243  2e-63  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.28039  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0092  putative aspartate racemase  49.78 
 
 
231 aa  242  4e-63  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0053  aspartate racemase  51.52 
 
 
233 aa  241  7e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4503  aspartate racemase  50.66 
 
 
238 aa  236  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0141875  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1082  aspartate racemase  49.12 
 
 
237 aa  233  1e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1249  aspartate racemase  47.6 
 
 
239 aa  228  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2199  aspartate/glutamate racemase family protein  47.16 
 
 
229 aa  228  8e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0972  aspartate racemase  46.96 
 
 
230 aa  227  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4055  aspartate racemase  48.47 
 
 
229 aa  226  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0918  aspartate racemase  49.78 
 
 
230 aa  226  3e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.468864  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1970  aspartate racemase  48.91 
 
 
239 aa  222  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2787  aspartate racemase  49.34 
 
 
237 aa  219  2e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.328239  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6429  aspartate racemase  42.86 
 
 
234 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.390115 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2506  aspartate racemase  47.6 
 
 
239 aa  215  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2497  aspartate racemase  44.35 
 
 
230 aa  213  2e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.131585  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2031  aspartate racemase  44.64 
 
 
240 aa  213  2e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0604958 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4072  aspartate racemase  44.83 
 
 
233 aa  210  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  0.78132 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2760  aspartate racemase  46.29 
 
 
239 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.458115  normal  0.682156 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1877  aspartate racemase  44.74 
 
 
226 aa  209  2e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211864  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2661  aspartate racemase family protein  42.54 
 
 
226 aa  204  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.561952  hitchhiker  2.01094e-05 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0734  aspartate racemase  45.65 
 
 
227 aa  203  2e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000319838  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0185  hypothetical protein  43.04 
 
 
238 aa  202  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.148112  normal  0.793248 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2422  aspartate racemase  41.67 
 
 
226 aa  201  1e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00910723  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2663  aspartate racemase family protein  41.67 
 
 
226 aa  200  1e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2459  aspartate racemase family protein  41.67 
 
 
226 aa  200  2e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0713108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2639  aspartate racemase family protein  41.67 
 
 
226 aa  200  2e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2656  aspartate racemase family protein  41.23 
 
 
226 aa  199  4e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.54701e-07 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2501  aspartate racemase  41.67 
 
 
227 aa  199  4e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00208009  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2383  aspartate racemase  40.79 
 
 
226 aa  196  2e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.135854  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2706  aspartate racemase family protein  40.79 
 
 
226 aa  196  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>