More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3225 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3225  carnitinyl-CoA dehydratase  100 
 
 		 261 aa  525  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4034  carnitinyl-CoA dehydratase  95.79 
 
 		 261 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2672  carnitinyl-CoA dehydratase  87.36 
 
 		 261 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.539378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0037  carnitinyl-CoA dehydratase  85.44 
 
 		 261 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3619  carnitinyl-CoA dehydratase  84.67 
 
 		 261 aa  455  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.291673 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00040  carnitinyl-CoA dehydratase  84.67 
 
 		 297 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3563  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  84.67 
 
 		 261 aa  455  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00039  hypothetical protein  84.67 
 
 		 297 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0040  carnitinyl-CoA dehydratase  84.29 
 
 		 297 aa  454  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0040  carnitinyl-CoA dehydratase  84.29 
 
 		 261 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0078  carnitinyl-CoA dehydratase  84.67 
 
 		 261 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0076  carnitinyl-CoA dehydratase  85.06 
 
 		 261 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0074  carnitinyl-CoA dehydratase  84.67 
 
 		 261 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0077  carnitinyl-CoA dehydratase  84.67 
 
 		 261 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0074  carnitinyl-CoA dehydratase  84.29 
 
 		 261 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0038  carnitinyl-CoA dehydratase  83.91 
 
 		 261 aa  450  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2793  carnitinyl-CoA dehydratase  57.59 
 
 		 262 aa  268  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3824  carnitinyl-CoA dehydratase  53.31 
 
 		 264 aa  262  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2177  carnitinyl-CoA dehydratase  52.87 
 
 		 260 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4496  carnitinyl-CoA dehydratase  50.57 
 
 		 260 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.348811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6427  carnitinyl-CoA dehydratase  49.43 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0773565 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2117  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.53 
 
 		 261 aa  199  5e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.409112 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4588  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.14 
 
 		 268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.61629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2640  enoyl-CoA hydratase  45.35 
 
 		 257 aa  196  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652997 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4155  short chain enoyl-CoA hydratase  43.82 
 
 		 249 aa  195  6e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4309  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.82 
 
 		 249 aa  195  6e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.184062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4079  short chain enoyl-CoA hydratase  43.82 
 
 		 249 aa  195  6e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3355  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.91 
 
 		 797 aa  191  7e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0866397  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4093  short chain enoyl-CoA hydratase  43.8 
 
 		 266 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2921  enoyl-CoA hydratase  42.86 
 
 		 259 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1962  enoyl-CoA hydratase  43.24 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1865  enoyl-CoA hydratase  43.24 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0130428  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3602  enoyl-CoA hydratase  44.02 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1675  enoyl-CoA hydratase  43.24 
 
 		 259 aa  184  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2455  enoyl-CoA hydratase  42.42 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00942261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1808  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.61 
 
 		 264 aa  181  8.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1736  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.35 
 
 		 271 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.841182 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3750  short chain enoyl-CoA hydratase  40.3 
 
 		 257 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3163  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.57 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.125416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0149  short chain enoyl-CoA hydratase  44.27 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.227059  normal  0.14158 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4763  enoyl-CoA hydratase/isomerase  44.44 
 
 		 265 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254643  normal  0.582812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0107  enoyl-CoA hydratase  41.76 
 
 		 254 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3871  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.24 
 
 		 263 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.266339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5352  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.65 
 
 		 265 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5509  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.65 
 
 		 265 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5310  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.63 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.181246 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3503  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.3 
 
 		 257 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0939424 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2302  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.69 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4267  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.24 
 
 		 258 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.728636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3853  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.32 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307462  normal  0.645815 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2032  short chain enoyl-CoA hydratase  38.64 
 
 		 257 aa  166  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1818  enoyl-CoA hydratase  42.29 
 
 		 247 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1667  enoyl-CoA hydratase  41.83 
 
 		 254 aa  165  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1752  enoyl-CoA hydratase  42.29 
 
 		 247 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1771  enoyl-CoA hydratase  42.29 
 
 		 247 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32618  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3985  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.77 
 
 		 269 aa  166  5e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.213719  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7116  short chain enoyl-CoA hydratase  42.21 
 
 		 254 aa  164  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.262766  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1825  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.76 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0326098  normal  0.27038 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4567  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.98 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.295779  normal  0.80843 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1079  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.64 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0094  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.53 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4354  enoyl-CoA hydratase  41.38 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1815  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.88 
 
 		 268 aa  162  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0267  short chain enoyl-CoA hydratase  37.93 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0796269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2724  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.31 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.891783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0860  short chain enoyl-CoA hydratase  41.44 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1990  enoyl-CoA hydratase  40.23 
 
 		 253 aa  160  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0177  enoyl-CoA hydratase  38.72 
 
 		 267 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0372  short chain enoyl-CoA hydratase  40.75 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.83461  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5216  enoyl-CoA hydratase  39.15 
 
 		 266 aa  160  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281677 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2368  short chain enoyl-CoA hydratase  40.96 
 
 		 258 aa  160  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2280  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.3 
 
 		 259 aa  159  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1762  short chain enoyl-CoA hydratase  39.69 
 
 		 267 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0266496  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2585  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  35.29 
 
 		 260 aa  158  7e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2001  short chain enoyl-CoA hydratase  37.93 
 
 		 259 aa  157  1e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2232  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.37 
 
 		 253 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2287  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  35.29 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.867439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2252  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.26 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.832894  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3041  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.52 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0775149  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1280  enoyl-CoA hydratase  42.25 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0590301  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1524  short chain enoyl-CoA hydratase  36.86 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1480  enoyl-CoA hydratase-isomerase  38.26 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6741  short chain enoyl-CoA hydratase  41.13 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00146659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0090  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  36.78 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1578  enoyl-CoA hydratase-isomerase  38.26 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2603  short chain enoyl-CoA hydratase  39.37 
 
 		 263 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.167852  normal  0.240881 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3055  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.38 
 
 		 260 aa  156  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4573  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.38 
 
 		 285 aa  156  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134607  normal  0.436736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0648  short chain enoyl-CoA hydratase  38.46 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0972113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2031  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  36.4 
 
 		 260 aa  155  6e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2262  enoyl-CoA hydratase-isomerase  38.26 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.364403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1558  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.55 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0322  short chain enoyl-CoA hydratase  37.69 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.173694 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3309  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.74 
 
 		 273 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1837  enoyl-CoA hydratase  39.47 
 
 		 260 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.334105  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4640  enoyl-CoA hydratase  38.4 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774216  normal  0.012557 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0577  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.76 
 
 		 254 aa  153  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0276  enoyl-CoA hydratase  43.72 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.274278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1202  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.19 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.255383  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2071  short chain enoyl-CoA hydratase  39.16 
 
 		 260 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000637715  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>