More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2793 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2793  carnitinyl-CoA dehydratase  100 
 
 		 262 aa  526  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2177  carnitinyl-CoA dehydratase  81.71 
 
 		 260 aa  408  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4496  carnitinyl-CoA dehydratase  79.38 
 
 		 260 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.348811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3824  carnitinyl-CoA dehydratase  78.93 
 
 		 264 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6427  carnitinyl-CoA dehydratase  77.82 
 
 		 260 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0773565 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3225  carnitinyl-CoA dehydratase  57.59 
 
 		 261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4034  carnitinyl-CoA dehydratase  57.2 
 
 		 261 aa  284  8e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0077  carnitinyl-CoA dehydratase  57.2 
 
 		 261 aa  281  7.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2672  carnitinyl-CoA dehydratase  56.81 
 
 		 261 aa  280  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.539378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0076  carnitinyl-CoA dehydratase  57.2 
 
 		 261 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0078  carnitinyl-CoA dehydratase  56.81 
 
 		 261 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0074  carnitinyl-CoA dehydratase  56.81 
 
 		 261 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00040  carnitinyl-CoA dehydratase  57.31 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00039  hypothetical protein  57.31 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0037  carnitinyl-CoA dehydratase  56.42 
 
 		 261 aa  278  6e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0040  carnitinyl-CoA dehydratase  56.92 
 
 		 297 aa  278  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3619  carnitinyl-CoA dehydratase  56.42 
 
 		 261 aa  278  8e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.291673 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3563  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  56.42 
 
 		 261 aa  278  8e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0040  carnitinyl-CoA dehydratase  56.42 
 
 		 261 aa  278  8e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0074  carnitinyl-CoA dehydratase  56.42 
 
 		 261 aa  276  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0038  carnitinyl-CoA dehydratase  56.03 
 
 		 261 aa  275  7e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3853  enoyl-CoA hydratase/isomerase  46.21 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307462  normal  0.645815 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1808  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.42 
 
 		 264 aa  176  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2921  enoyl-CoA hydratase  41.25 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3481  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.91 
 
 		 266 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4763  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.34 
 
 		 265 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254643  normal  0.582812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4588  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.61629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5352  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.53 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5509  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.53 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2640  enoyl-CoA hydratase  43.02 
 
 		 257 aa  169  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652997 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0149  short chain enoyl-CoA hydratase  42.34 
 
 		 266 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.227059  normal  0.14158 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2117  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39 
 
 		 261 aa  168  7e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.409112 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1752  enoyl-CoA hydratase  41.18 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1818  enoyl-CoA hydratase  41.18 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1771  enoyl-CoA hydratase  41.18 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32618  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2724  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.53 
 
 		 249 aa  166  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.891783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1865  enoyl-CoA hydratase  41.57 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0130428  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0107  enoyl-CoA hydratase  41.38 
 
 		 254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4309  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.74 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.184062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4155  short chain enoyl-CoA hydratase  38.74 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4079  short chain enoyl-CoA hydratase  38.74 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1962  enoyl-CoA hydratase  39.76 
 
 		 259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6741  short chain enoyl-CoA hydratase  44.02 
 
 		 255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00146659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1667  enoyl-CoA hydratase  41.73 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4267  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.16 
 
 		 258 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.728636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4354  enoyl-CoA hydratase  41.43 
 
 		 253 aa  159  6e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0998  crotonobetainyl-CoA hydratase  39.76 
 
 		 254 aa  158  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1990  enoyl-CoA hydratase  40.64 
 
 		 253 aa  158  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0267  short chain enoyl-CoA hydratase  37.45 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0796269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3355  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.23 
 
 		 797 aa  156  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0866397  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3602  enoyl-CoA hydratase  40.39 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4093  short chain enoyl-CoA hydratase  39.22 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1794  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.27 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.836656 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1825  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.08 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0326098  normal  0.27038 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10224  enoyl-CoA hydratase  42.52 
 
 		 262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4560  short chain enoyl-CoA hydratase  40.15 
 
 		 256 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127005  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2455  enoyl-CoA hydratase  39.02 
 
 		 265 aa  152  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00942261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0177  enoyl-CoA hydratase  38.95 
 
 		 267 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3750  short chain enoyl-CoA hydratase  40 
 
 		 257 aa  151  8e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3369  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.04 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1675  enoyl-CoA hydratase  39.31 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6304  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5154  enoyl-CoA hydratase  39.16 
 
 		 254 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.266028 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3219  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.08 
 
 		 255 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0206173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3208  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.08 
 
 		 255 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.5239  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3270  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.08 
 
 		 255 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.868271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2850  enoyl-CoA hydratase  38.7 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  0.00000000000104318  normal  0.652493 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1968  short chain enoyl-CoA hydratase  39.26 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2603  short chain enoyl-CoA hydratase  38.58 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.167852  normal  0.240881 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3309  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.38 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3055  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.15 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1280  enoyl-CoA hydratase  39.93 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0590301  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3503  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.85 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0939424 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1524  short chain enoyl-CoA hydratase  37.4 
 
 		 256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0517  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.61 
 
 		 254 aa  145  5e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0525894  normal  0.0523388 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1213  short chain enoyl-CoA hydratase  38.34 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.847527  normal  0.487906 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1079  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.15 
 
 		 260 aa  145  6e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4573  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.28 
 
 		 285 aa  145  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134607  normal  0.436736 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4033  enoyl-CoA hydratase  39.63 
 
 		 273 aa  145  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.67925  normal  0.459959 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3162  enoyl-CoA hydratase  38.31 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000276465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1171  enoyl-CoA hydratase  36.36 
 
 		 258 aa  143  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.297092 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0860  short chain enoyl-CoA hydratase  37.59 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0577  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.31 
 
 		 254 aa  142  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0124  enoyl-CoA hydratase  40.23 
 
 		 254 aa  142  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.101523  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5216  enoyl-CoA hydratase  36.33 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2032  short chain enoyl-CoA hydratase  37.75 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1122  short chain enoyl-CoA hydratase  37.07 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4567  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.38 
 
 		 254 aa  142  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.295779  normal  0.80843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2610  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.74 
 
 		 257 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0699041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1736  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.73 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.841182 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2444  enoyl-CoA hydratase  37.8 
 
 		 260 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1234  enoyl-CoA hydratase  37.55 
 
 		 258 aa  141  8e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.134815  normal  0.668233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1815  enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.61 
 
 		 268 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0322  short chain enoyl-CoA hydratase  36.22 
 
 		 256 aa  141  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.173694 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0434  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.59 
 
 		 266 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2899  enoyl-CoA hydratase  37.55 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000596096  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2864  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.36 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3163  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.31 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.125416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0597  short chain enoyl-CoA hydratase  39.84 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00392493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2232  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.67 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>