More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1394 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1394  periplasmic binding protein  100 
 
 		 332 aa  682    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0164241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55000  ABC transporter periplasmic protein  32.89 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000300929  unclonable  2.23154e-21 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01763  hypothetical protein  32.71 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0550  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2757  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 309 aa  95.1  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  25.58 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  26.85 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.16 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.16 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.26 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.48 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  25.69 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 322 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  25.35 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2078  periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 335 aa  82  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000011261 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.35 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.91 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  23.97 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4510  periplasmic binding protein  24.18 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  24.04 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1777  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.81 
 
 		 331 aa  78.2  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 662 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  23.64 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4123  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 346 aa  75.1  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0693  periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.56 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2829  twin-arginine translocation pathway signal  23.99 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.582079  normal  0.501847 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5173  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2246  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.13483  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2208  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.970371  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0763  iron(III) dicitrate transport system, periplasmic iron-binding protein FecB  28.04 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  25.16 
 
 		 682 aa  71.6  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  24.84 
 
 		 682 aa  71.2  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0667  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  27.65 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0794  periplasmic binding protein  24.3 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.352793  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5448  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.6 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5503  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.6 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0807  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.38 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.426992  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 375 aa  69.3  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 330 aa  69.3  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3901  periplasmic binding protein  25.46 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 330 aa  69.3  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0694  putative iron compound-binding protein  26.84 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00869259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3296  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.155082  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5509  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.81 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4269  periplasmic binding protein  26.84 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0364817  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1043  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.44 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5558  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.43 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50340  iron(III)-siderophore-binding periplasmic protein  26.94 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318256  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2409  periplasmic binding protein  23.68 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00436362  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0300  periplasmic binding protein  25.5 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  24.56 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06007  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  22.26 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  28.06 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4488  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.65 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 345 aa  66.2  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  25 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.65 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3787  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.86 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.713768  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5229  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.44 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5060  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.44 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.320975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4113  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.49 
 
 		 317 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5077  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.44 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1864  iron(III) dicitrate transport permease  26.17 
 
 		 361 aa  65.5  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0163858  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5628  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.44 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4541  putative iron compound-binding protein  26.52 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00289345  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0640  periplasmic binding protein  24.56 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.451068  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3525  periplasmic binding protein  22.74 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.476755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4449  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3495  iron(III) dicitrate-binding protein  22.82 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.889326  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4502  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.71 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3139  periplasmic binding protein  27.95 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000355327  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3506  periplasmic binding protein  22.91 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474135  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3771  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  22.96 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4450  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.12 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0748  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.63 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4265  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3749  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.27 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000167124 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3483  iron(III) dicitrate-binding protein  23.27 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.243562  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4102  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2413  periplasmic binding protein  23.49 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.3 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.05 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4597  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1282  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 357 aa  64.3  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 328 aa  64.3  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0133  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1192  periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.842601  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1158  periplasmic binding protein  23.7 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.360135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1638  periplasmic binding protein  23.7 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.120815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>